Het Ministerie van Algemene Zaken heeft als hoofdtaak de bevordering van de samenhang van het regeringsbeleid. Algemene Zaken beschikt in vergelijking met de andere ministeries slechts over een beperkte ambtelijke organisatie. De omvang van de ambtelijke staf bedraagt ongeveer 300 personen, waarvan het merendeel werkzaam is bij de Rijksvoorlichtingsdienst. Suggesties dat, gegeven de positie van de minister-president, complexe interdepartementale projecten beter bij Algemene Zaken kunnen worden ondergebracht worden keer op keer afgewezen. Een groot ministerie zou de interdepartementale coördinatie ernstig bemoeilijken. Een eigen beleidsterrein zou het ministerie tevens partij kunnen maken in interdepartementale conflicten.

Algemene Zaken voert het secretariaat van de ministerraad en de onderraden. Het Kabinet van de Minister-President is hiervoor de verantwoordelijke instantie. Dit kabinet bestaat uit een aantal raadsadviseurs en het secretariaat van de ministerraad. De taak van de raadsadviseurs is de minister-president advies en informatie te verstrekken op de hun aangewezen beleidsterreinen.

Buiten het kabinet van de minister-president telt het ministerie twee andere dienstonderdelen: de Rijksvoorlichtingsdienst en (het bureau van) de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid (WRR). De Rijksvoorlichtingsdienst geeft voorlichting over het Koninklijk Huis en het algemeen regeringsbeleid. De Rijksvoorlichtingsdienst geeft tevens adviezen over het gebruik van media en speelt een rol bij de vervaardiging van voorlichtingsmateriaal. De WRR is een (externe) deskundigenraad die het kabinet adviseert over het (strategisch) lange-termijn beleid.