Toen de Britse afgevaardigde de instelling van dit Hof aan de orde stelde, kon men een speld horen vallen. Maar al spoedig bleek dat de belangrijkste staten uitgewerkte ontwerpen van een dergelijke instelling met bijbehorende procedures bij zich hadden. In een kleinere commissie werden de moeilijkste problemen weggenomen, waaronder tussentijds overleg met de Duitse keizer die het woord “verplicht” bij arbitrage wist te vervangen door “facultatief”. Het uiteindelijke resultaat was een compromis dat Britse, Russische, Franse en Amerikaanse opvattingen verenigde. Toen in september 1900 naar het oordeel van de Nederlandse minister van Buitenlandse Zaken voldoende ratificaties binnen waren, trad het Permanent Hof van Arbitrage in werking. Zijn Internationaal Bureau (secretariaat) werd in Den Haag aan de Prinsengracht gevestigd (later in het Vredespaleis). De kosten werden over de lidstaten verdeeld in overeenstemming met de regeling van de Universele Post Unie. De Administratieve Raad van het Hof staat onder voorzitterschap van de Nederlandse minister van Buitenlandse Zaken en bestaat uit de diplomatieke vertegenwoordigers in Den Haag van de partijen bij het verdrag. Gezien de zwakke basis van het Hof, dat eigenlijk geen hof is maar een groep mogelijke scheidsrechters, kon er weinig van worden verwacht. Wel werd het gebruikelijk in bilaterale arbitrageverdragen (120 tussen 1900 en 1914) naar het Hof te verwijzen. Het totale aantal geschillen dat het nog steeds bestaande Hof behandelde, bleef beperkt tot dertig. Daarnaast was het op verschillende manieren bij ad hoc-arbitrages betrokken. Het hoogtepunt van het Hof lag tussen 1907 en 1914, toen het een moreel gezag vertegenwoordigde.
De vredesconferentie had verschillende particuliere organisaties naar Den Haag gebracht, waaronder vredesorganisaties, vrouwenorganisaties en afvaardigingen van onderdrukte volken. Een delegatie uit de vrouwenbeweging werd door de voorzitter van de conferentie ontvangen. Zij bood hem één miljoen handtekeningen ten gunste van vrede aan. De aanwezige vrouwen zorgden ervoor de afgevaardigden na afloop van de besprekingen tijdens de diners te spreken en aldus voor hun opvattingen te lobbyen. Omdat het conferentiebureau besloten had dat over het verloop van de conferentie geen of nauwelijks mededelingen naar buiten mochten worden gedaan, ontstond er onvrede bij de pers. De particuliere organisaties die dankzij hun lobbywerk het nodige te weten kwamen, brachten een onofficieel nieuwsbulletin uit in het Frans en het Nederlands. Het conferentiebureau versoepelde daarna de regels, omdat het begreep dat geheimhouding een goed begrip in de weg stond van wat zich in de commissies voltrok en daarmee een draagvlak voor besluiten beperkt hield.