Was Nederland aan het begin van de jaren zestig gewikkeld in een groot diplomatiek conflict met Frankrijk over de aard en richting van de Westeuropese integratie, ongeveer tezelfdertijd had het ook te maken met de liquidatie van de Nieuw-Guineakwestie. Nadat in 1956 besprekingen tussen Nederland en Indonesië (gehouden in Geneve) om het geschil vreedzaam te beslechten definitief waren mislukt en Indonesië naar aanleiding daarvan de Unie met Nederland eenzijdig had opgezegd, werd in 1957-1958 een verscherping van het conflict ingeluid door acties tegen het Nederlandse bedrijfsleven in Indonesië. Vervolgens kwamen er aanwijzingen dat Indonesië zou overgaan tot een militaire aanval op het Nederlandse gebiedsdeel. Nederland, dat vast wenste te houden aan het zelfbeschikkingsrecht van de Papoea’ s, besloot tot versterking van zijn militaire macht in Nieuw-Guinea. Minister Luns oogstte in het Nederlandse parlement veel succes met zijn woorden dat Nieuw-Guinea in de periferie van de Nederlandse belangen stond maar in het centrum van de Nederlandse beginselen.
De Indonesische regering besloot tot opvoering van gewapende infiltraties in het opgeëiste gebied en eind 1961 dreigde zelfs een oorlog tussen beide landen. Vooral dank zij interventie van Amerikaanse kant (persoonlijke bemoeienis van president Kennedy) bleef deze evenwel uit. De Verenigde Staten, tot grote ontstemming van met name minister Luns, maakte Nederland duidelijk dat ingeval van gewapend conflict niet op Amerikaanse militaire bescherming behoefde te worden gerekend. De zogenaamde Amerikaanse garanties, waarmee de Nederlandse minister van Buitenlandse Zaken zo vaak had geschermd, bleken uiteindelijk weinig waarde te hebben. In feite dwongen de Amerikanen Nederland met Indonesië te gaan onderhandelen onder auspiciën van de Verenigde Naties, waarbij op voorhand duidelijk was dat Nieuw-Guinea uiteindelijk onder Indonesisch bestuur terecht zou komen.
Op 15 augustus 1962 werden beide landen het eens over een overeenkomst. Ten grondslag lag het zogenaamde plan-Bunker dat voorzag in overdracht van Nieuw-Guinea aan Indonesië na een tussenbestuur door de VN. Met het oog op het door Nederland zo centraal gestelde zelfbeschikkingsrecht van de inwoners van Nieuw-Guinea verplichtte Indonesië zich uiterlijk 1969 een volksraadpleging te houden.
Nadat Nieuw-Guinea onder het gezag van Indonesië was gekomen zou nadien een verdere inperking van het grondgebied van het Nederlandse Koninkrijk plaatsvinden: in 1975 verwierf Suriname zijn onafhankelijkheid. De betrekkingen met de jonge staat ontwikkelden zich niet zonder problemen, vooral niet toen in 1980 Surinaamse militairen de macht grepen. Eind 1982 ontstond er tussen Nederland en Suriname een crisis als gevolg van de gewelddadige dood van een groep tegenstanders van de sterke man van Suriname, Desi Bouterse. De Nederlandse regering zag hierin aanleiding de relatief omvangrijke ontwikkelingshulp aan het land op te schorten.
De onafhankelijkheid van Suriname had vooralsnog geen gevolgen voor de sinds 1954 bestaande formele verhoudingen tussen Nederland en de Nederlandse Antillen. Wat de positie van de afzonderlijke eilanden betreft deed zich met ingang van 1 januari 1986 een wijziging in deze betrekkingen voor: Aruba verwierf de status aparte. Een en ander hield in dat Aruba na een overgangsperiode van tien jaar volledige onafhankelijkheid zou verwerven. Intussen gaan er echter in Nederland stemmen op om over te gaan tot duurzame staatsrechtelijke betrekkingen met de Nederlandse Antillen en Aruba.