Waterkering heeft betrekking op het onderhoud van de zeeweringen, de rivierdijken en de boezemkaden. De zeeweringen bestaan uit een combinatie van natuurlijke wering en kunstwerken. De grote rivierdijken betreffen vooral die langs Rijn (600 km) en Maas (200 km). Het toezicht op en het onderhoud van deze dijken is vooral een waterschapstaak. In tijden van wateroverlast wordt dijkbewaking ingesteld, wat inhoudt dat voortdurend de waterstanden worden doorgegeven en het dijklichaam nauwkeurig wordt geïnspecteerd.
De boezemkaden in de lage gebieden en de dijken in de hoge gebieden dienen vooral als tijdelijk reservoir voor overtollig water (regenval, maar ook smeltwater uit de Alpen). De boezemkaden worden vooral bedreigd door de muskusrat, die zijn gangen graaft in deze betrekkelijk kleinere en lichtere kaden. De muskusrattenbestrijding is zo belangrijk dat dit zelfs bij wet is geregeld. Sinds 1994 is de bestrijding ervan ondergebracht in een aparte dienst, die functioneert onder toezicht van een bestuur ex. atikel 80 Provinciewet waarin provincie en waterschappen gelijkelijk zijn vertegenwoordigd.
Waterkwantiteitsbeheer heeft betrekking op het handhaven van waterpeilen. Het waterpeil is afhankelijk van het bodemgebruik. Akkerbouw behoeft bijvoorbeeld een veel lager waterpeil dan weideland. In de bloembollenteelt kan een verschil van 5 cm de bollen doen verrotten of verdrogen. Er komen dan ook tientallen waterpeilen voor binnen het grondgebied van een waterschap. Deze detailwaterhuishouding in polders en droogmakerijen wordt ook wel aangeduid als de fijne waterbeheersing. De waterpeilen worden geregeld via gemalen, stuwen en sluizen, die in combinatie met het onderhoud van de watergangen, sloten en greppels (schoeiingen, plantengroei verwijderen en dergelijke) een goede doorstroming moeten garanderen. Overtollig water in laag Nederland wordt via het boezemwater op rivieren, kanalen, meren, plassen en de zee geloosd. Boezembeheer wordt ook wel aangeduid als grove waterbeheersing. Men kan water echter ook inlaten, bijvoorbeeld tijdens droogte of om het water te doorspoelen om zo verzilting tegen te gaan (in de lage gebieden). In de hoge gebieden moet bij droogte water worden vastgehouden. Wegens landontginning en verharding van delen van het oppervlak (bebouwing, wegenaanleg) stroomt overtollig water snel weg, maar is tevens de kans op wateroverlast groot. Controle op het kwantiteitsbeheer is gegarandeerd via de schouw die een- of tweemaal per jaar plaatsvindt.
Het waterkwaliteitsbeheer heeft sinds de tweede helft van de negentiende eeuw geleidelijk meer aandacht gekregen. Water is en wordt gebruikt door huishoudens (consumptiewater), industrie (spoel- en koelwater), land- en tuinbouw, recreatie en transport. In de steden werden de kanalen open riolen en veroorzaakten zij mede de golf van epidemieën in de negentiende eeuw. Door middel van demping, de aanleg van rioleringen en waterleidingen is het stedelijk leefmilieu aanmerkelijk verbeterd. De eerste rioolwaterzuiveringsinstallatie (RWZI) werd eind jaren twintig in Amsterdam in gebruik genomen. Dit was nog vooral een mechanische zuivering, aangezien deze uitsluitend beperkt was tot de bezinking van het grove vuil. Tussen 1935-1960 werden 143 RWZI’s in gebruik gesteld. De modernere biologische zuivering maakt gebruik van micro-organismen en is tevens gericht op het fijnere vuil. Deze micro-organismen zijn ook van groot belang bij de afbraak van het organisch afval in het oppervlaktewater. Bij dit proces wordt zuurstof verbruikt. Zuurstofgebrek in het water blijkt bijvoorbeeld uit naar lucht happende vissen en is een teken dat de micro-organismen hun werk niet meer aankunnen. Het water gaat stinken, de vissen sterven. Door het sterk geïntensiveerde watergebruik kan het oppervlaktewater niet meer langs natuurlijke weg worden gezuiverd.
Het regionale vaarwegenbeheer is doorgaans een provinciale taak, die kan zijn opgedragen aan waterschappen. Sommige waterschapsreglementen vorderen vaarwegbeheer en dit betreft dan vooral het op diepte houden van de vaarwegen, het onderhoud van beschoeiingen en het bedienen van sluizen.