De Bataafs-Franse tijd ging gepaard met een sterk centralisatiestreven van overheidstaken. De staatsrechtelijke en bestuurlijke omwentelingen die hiervan het gevolg waren, gingen niet voorbij aan het waterschap, ofschoon de veranderingen daar minder ingrijpend waren dan bij Rijk, Provincies en Gemeenten. De meest belangrijke omwenteling betrof de instelling van de eenheidsstaat op basis van een grondwet. Met de aanstelling van een agent van “Inwendige Policie en Toezigt op de staat van Dijken, Wegen en Wateren” in 1798 (voorloper van het Departement van Waterstaat) die de leiding had over een uitvoerende dienst (zie boven), gaf de centrale overheid te kennen welk belang zij hechtte aan verbetering van het waterbeheer. Zo werd onder meer voor het eerst onderscheid gemaakt tussen hoofdwatersysteem (kustgebied en grote rivieren), regionaal watersysteem en lokaal watersysteem. Het eerste werd tot de verantwoordelijkheid van het Rijk gerekend, terwijl de uitvoering opgedragen kon zijn aan de waterschappen. Het regionale en lokale waterbeheer werd onder toezicht van de provincie geplaatst. De uitvoering berustte in veel gevallen bij de waterschappen.

Buiten deze veranderingen in de organisatie van en het toezicht op het waterstaatsbeheer werd tevens enige poging ondernomen tot codificatie respectievelijk uniformering van regelgeving terzake. De belangrijkste inspanning in dat opzicht was de Dijkwet van 1810, ingegeven door de grote overstromingen van 1804 en 1809. Aangezien deze wet de betrekkingen tussen Rijk, Provincie en Waterschappen krachtig aanhaalde en zij vooral in waterschapskringen op veel verzet stuitte, werd deze wet in 1813 geschorst om uiteindelijk in 1835 te worden ingetrokken. De verschillende waterschapsreglementen bleven onaangetast.