In 1799 werd de Generaliteitsrekenkamer ontbonden en werd haar taak overgenomen door de Commissarissen van de Nationale Rekening. De commissarissen vertoonden in hun werkwijze en positie een continuering van de Generaliteitsrekenkamer. Er was nu in theorie sprake van een eenheidsstaat, waarbij de band met de provincies was verbroken. De band met de volksvertegenwoordiging werd daarentegen sterker. De Commissarissen werden door haar aangesteld en ontslagen en waren uitsluitend aan haar verantwoording schuldig. De volksvertegenwoordiging was de enige aan wie de Commissarissen rapporteerden en voorstellen tot verbetering van de financiën deden. Bijzonder was dat de Commissarissen geldelijk verantwoordelijk werden gesteld voor tekortkomingen in hun controle. Lodelijk Napoleon schafte deze financiële sancties af, toen hij in 1809 naar Frans model het Hof van Rekeningen oprichtte. Het Hof werd verdeeld in zes „kamers”. Aan het hoofd van iedere kamer stond een vaste voorzitter die rechtstreeks benoemd werd door de koning. De band met de volksvertegenwoordiging werd daardoor minder hecht en de relatie met de regering, in casu de koning, werd belangrijker. Het feit dat uitsluitend nog gerapporteerd werd aan de koning illustreert deze verschuiving. De volksvertegenwoordiging had alleen nog een beperkte zeggenschap over de benoeming van de leden, maar geen invloed meer op de benoeming van de voorzitter. Het Hof beperkte zich tot de rechtmatigheidscontrole, waarbij zowel de voorcontrole als de controle achteraf bleven bestaan. Het einde van het Koninkrijk Holland betekende ook het eind van het Hof van Rekeningen. Napoleon verordonneerde dat vanaf 1811 de rekeningen gecontroleerd zouden worden door de Cour des Comptes in Parijs.