Sinds 1985 is met de Nota “Omgaan met water” een nieuw beleid in gang gezet. De gedachte van integraal waterbeleid staat hier centraal. Dit uit zich in de introductie van het begrip watersysteembenadering. Het watersysteem wordt gedefinieerd als het in een bepaald gebied aanwezig samenhangend geheel van grond- en oppervlaktewater. Hiertoe worden ook oevers, waterbodems en technische infrastructuur gerekend. Een voorbeeld van een watersysteem is het stroomgebied van een rivier. De watersysteembenadering kan volgens deze nota worden omschreven als “die benadering die beoogt via een integrale afweging de wensen van de samenleving ten aanzien van functies en het functioneren van watersystemen op een optimale wijze af te stemmen op de mogelijkheden van de systemen met behulp van een technisch en juridisch instrumentarium.”
De gedachte van het integrale waterbeleid wordt verder uitgewerkt en in de Derde Nota Waterhuishouding (1989) integraal waterbeheer genoemd. De Vierde Nota Waterhuishouding (1998) behandelt de beleidsdoelen per watersysteem. In deze nota krijgt “het water in de stad” aparte aandacht. Weliswaar vormt dit een integraal onderdeel van de regionale wateren en is het niet als een afzonderlijk watersysteem aan te merken, maar gezien de problemen van (grond)wateroverlast, afvalwater en waterverbruik, wordt het water in de stad als beleidsonderdeel behandeld.
Het rapport “Water Centraal” van de denktank van de Unie van waterschappen brengt een nieuw begrip die het integrale karakter van het waterbeleid versterkt. Het gaat om het begrip waterketen en is de verzamelnaam voor alle gebruikers van een watersysteem. Door onttrekkingen, lozingen, scheepvaart en recreatief gebruik vermengen deze ketens zich met het watersysteem. Het belangrijkste voorbeeld van een waterketen is de keten van grondwateronttrekking via drinkwaterbedrijf, waterleiding en huishoudens, riool en rioolwaterzuivering naar een oppervlaktewater. De relatie tussen drinkwater en riolering is zowel fysiek als functioneel beperkt. Riolering en zuivering zijn daarentegen onlosmakelijk met elkaar verbonden, ze vormen samen een aparte keten, de afvalwaterketen.
In het advies van de Commissie Waterbeheer in de eenentwintigste eeuw wordt uitgegaan van een beleid per (deel)stroomgebied, in navolging van de Europese Kaderrichtlijn Water (EKW), de Vierde Nota Waterhuishouding en het UNECE-waterverdrag. In 1992 werd dit verdrag gesloten in Helsinki in het kader van de Economische Commissie voor Europa van de Verenigde Naties (UNECE). Het verdrag ziet op de bescherming van grensoverschrijdende waterlopen en internationale meren en beoogt nadelige effecten op het milieu in brede zin te voorkomen, beheersen en te verminderen. Nederland wordt daartoe in 17 deelstroomgebieden opgedeeld. Een belangrijke consequentie van de stroomgebiedbenadering en de keuze om water meer ruimte te geven is dat waterkering en waterhuishouding niet meer los van elkaar worden gezien.
Om dit waterbeleid vorm te geven wordt niet gekozen voor nieuwe bestuursautoriteiten, maar dient te worden samengewerkt in bestuursallianties per stroomgebied. Hiertoe is door de verschillende partijen (Rijk, IPO, VNG en UvW) overeengekomen dat er een nationaal bestuursakkoord dient te komen waarin afspraken zijn vastgelegd over het te voeren waterbeleid. Dit akkoord, het Nationaal Bestuursakkoord Water (NBW), is in de zomer van 2003 gesloten. Doel van het akkoord is om in de periode tot 2015 het watersysteem in Nederland op orde te krijgen en te houden. Het gaat er daarbij om het hoofd te bieden aan de gevolgen van de zeespiegelstijging, bodemdaling en een veranderend klimaat.