De Algemene Rekenkamer is één van de Hoge Colleges van Staat en stamt uit 1814, het jaar waarin Willem I zijn goedkeurende handtekening onder de Grondwet voor de Verenigde Nederlanden plaatste. De feitelijke geschiedenis van de rekenkamercontrole strekt zich echter over zes eeuwen uit.

Al in de middeleeuwen lieten vorsten zich omringen met rekenmeesters. Deze controleerden de rekeningen en betaalbewijzen van de geldontvangers. De oudste rekenkamer in de Nederlanden was die van Vlaanderen. Naar Bourgondisch model richtte Philips de Stoute in 1386 een „Camere van den Rade in Vlaendren” op die in Rijssel zetelde. De financiële afdeling van de Raadkamer van Vlaanderen kreeg geleidelijk de naam van „Rekenkamer” naar de naam van de vergaderruimte. De Rijsselse Rekenkamer had de controlebevoegdheid over de provincies en over de boekhouding van de centrale ontvangers. In 1428 verwierf Philips de Goede in Holland en Zeeland de feitelijke macht. De heftige conflicten in de jaren 1443-1445 (Hoekse en Kabeljauwse twisten, onlusten in onder andere Dordrecht, Haarlem en Amsterdam) noopten Philips de Goede om het bestuur zelf ter hand te nemen en maatregelen te treffen voor een betere greep op Holland en Zeeland. De instelling van een Haagse Rekenkamer in 1447 die tot taak had de rekenplichtigen in Holland en Zeeland te controleren, was één van die maatregelen.

Gedurende de hele Bourgondisch-Habsburgse periode (tot 1608) hadden de Nederlanden te maken met een op Bourgondische leest geschoeide rekenkamer. Van meet af aan oefenden deze rekenkamers bestuurs- en controlebevoegdheden uit en beoefenden zij tevens de daaruit voortvloeiende rechtspraak in geschillen die met domeinen en financiën van doen hadden. Legitimatiebrieven, adelsverheffingen, gratiebrieven en octrooien die door de regering werden verleend, hadden geen rechtsgeldigheid zonder goedkeuring en registratie door de bevoegde rekenkamer. In niet geringe mate hebben de rekenkamers zelfs invloed gehad op het financiële beleid van de hogere beheerslichamen. Bij het opstellen van voorwaarden en regelingen volgens welke grote domeingoederen dienden te worden verpacht en geëxploiteerd, werd rekening gehouden met de adviezen van de rekenkamers. De rekenkamers verstrekten bovendien gevraagd en ongevraagd adviezen aan de Hofraad over het algemene beleid en over concrete problemen. In de boekhoudkundige en administratieve controle lag de belangrijkste opdracht van de rekenkamers. Het administratieve toezicht werd uitgeoefend door een controleur die daartoe visitatierecht had om ontvangkantoren, personeel en de toestand van domeinen ter plaatse te inspecteren. Sinds het begin van de Bourgondische periode (1386) hadden rekenplichtigen echter vooral de verplichting, na afloop van het boekjaar, zich naar de bevoegde rekenkamer te begeven voor rekening en verantwoording over hun boekhouding.

In de Bourgondische periode waren de rekenkamers permanent zetelende lichamen met een voorzitter, twee tot vier rekenmeesters, één of twee auditeurs, één of twee klerken en een deurwaarder-huisbewaarder. Zij ontvingen een jaarsalaris, naast een vergoeding voor kleedgeld, en vrijdom van directe en indirecte belastingen en allerlei voordelen in natura. Het belang dat de Bourgondische landsheren aan de rekenkamers hechtten, blijkt ook uit het feit dat het rekenkamerpersoneel bij de herhaalde besparingsmaatregelen werd ontzien, terwijl andere functionarissen moesten inleveren.