Binnenlandse Zaken heeft in de negentiende eeuw de verantwoordelijkheid gehad voor een omvangrijk takenpakket, waarvoor later de zogeheten „vakministeries” zijn ingesteld. Binnenlandse Zaken wordt daarom zowel het „moeder”- als een rest-ministerie genoemd. Binnenlandse Zaken draagt zorg voor de instandhouding van de democratische rechtsstaat. Drie directoraten-generaal zijn verantwoordelijk voor de beleidsvoorbereiding:

Het taak van het Directoraat-Generaal Openbaar Bestuur is een doelmatig en democratisch openbaar bestuur te bevorderen. Belangrijke beleidsonderwerpen zijn het decentralisatiebeleid, de interbestuurlijke informatievoorziening, het grote-stedenbeleid, de sociale vernieuwing en de coördinatie van het minderhedenbeleid. Het Directoraat-Generaal Openbare Orde en Veiligheid is verantwoordelijk voor het beleid ten aanzien van de (organisatie) van de brandweer, politie en de rampenbestrijding. De zorg voor de politie wordt gedeeld met het Ministerie van Justitie. Het Directoraat-Generaal Management en Personeelsbeleid dient het overheidspersoneelsbeleid te coördineren en het personeelsmanagement van de rijksoverheid te ondersteunen.

Het Directoraat-Generaal Constitutionele Zaken en Koninkrijkrelaties houdt zich bezig met de behandeling van constitutionele zaken en het beleid ten aanzien van de Nederlandse Antillen en Aruba. Voorts is dit Directoraat-Generaal belast met de coördinatie van Europese en internationale aangelegenheden.

De Binnenlandse Veiligheidsdienst is momenteel een van de belangrijkste diensten van het Ministerie van Binnenlandse Zaken. De BVD verzamelt gegevens over organisaties en personen die een gevaar kunnen vormen voor het voortbestaan van de democratische rechtsorde en de staatsveiligheid. Het ministerie kent drie externe adviesorganen: de Kiesraad, de Raad voor financiële verhoudingen en de Raad voor het openbaar bestuur.