Tijdens de Boerenoorlog (1899-1902) werd de Nederlandse neutraliteit sinds lange tijd weer enigermate op de proef gesteld. Tussen het Nederlandse volk en de Zuidafrikaanse Boeren bestonden nauwe godsdienstige en taalkundige banden. De strijd die deze boeren tegen de machtige Engelsen voerden genoot in Nederland derhalve brede sympathie. Ondanks de anti-Britse gevoelens onder het Nederlandse publiek durfde de Nederlandse regering het echter niet aan Engeland te trotseren door de Boerenrepublieken, Transvaal en Oranjevrijstaat, uit te nodigen voor deelneming aan de eerste Haagse vredesconferentie. De nauwe marges van de neutraliteitspositie beseffend onthield de regering zich verder van het geven van enigerlei materiële steun aan de Boeren. Toen de strijd van deze laatsten reeds hopeloos was geworden maakte koningin Wilhelmina duidelijk dat zij samen met de Duitse keizer als bemiddelaar wilde optreden om een einde aan de oorlog te maken. Wilhelm II ging hier echter niet op in omdat hij de Engelsen niet wenste te irriteren teneinde de gevoelens van de meerderheid der Nederlandse bevolking te bevredigen stelde de Nederlandse regering een symbolische daad door de president van de Boerenrepublieken, Paul Kruger (die kampte met een slechte gezondheid), met het Nederlandse oorlogsschip Gelderland naar Europa te brengen. Maar ook in dit geval had de regering zich ervan vergewist dat de Engelsen dit gebaar niet als een onvriendelijke daad zouden opvatten.
Tussen 1901 en 1905 trad in Nederland een ministerie op onder leiding van Abraham Kuyper. De Anti-Revolutionaire staatsman legde een sterke belangstelling voor de buitenlandse betrekkingen aan de dag en stond gevoelsmatig dichter bij Duitsland dan bij Engeland. Zijn kabinet had niet alleen te maken met de slotfase van de Boerenoorlog maar enige jaren later ook met de Russisch-Japanse oorlog (1904-1905), die Nederland in de Oost tijdelijk in moeilijkheden bracht. Toen een Russisch marine-eskader, op weg van de Baltische Zee naar de Gele Zee, wenste te bunkeren in Sabang (gelegen in Nederlands Oost-Indië) kon de Nederlandse regering niet uit de voeten met een tevoren uitgegeven neutraliteitsproclamatie. Deze proclamatie stond oorlogsschepen van beide partijen alleen toe brandstof in te nemen in havens van Nederland en die van zijn koloniën, indien en voor zover zulks nodig was om de dichtstbijzijnde haven van het eigen land of die van een bondgenoot te bereiken. De Japanse marine had echter posities gekozen tussen Sabang en de Russische haven Wladiwostok. Onder druk van Japan werd de Russen uiteindelijk geen toestemming gegeven om in Nederlands Indië te bunkeren.
Dit voorval onderstreepte nog eens de kwetsbaarheid van de Nederlandse koloniën wat de bescherming van de uitwendige veiligheid betreft. In dit verband is het vermeldenswaard dat tijdens een bezoek dat Kuyper in 1905 als minister-president aan Berlijn bracht, geruchten circuleerden volgens welke Duitsland bereid zou zijn Nederlands Oost-Indië te beschermen in ruil voor bunkerfaciliteiten aldaar. Dergelijke geruchten vielen in Nederland, nog onder invloed van de anti-Britse sentimenten als gevolg van de Boerenoorlog, hier en daar op vruchtbare bodem. (Uit nader onderzoek valt evenwel niet op te maken dat Kuyper werkelijk uit was op een toenadering tot Duitsland, en zeker niet met het doel de veiligheid van de koloniën te verzekeren.)
Niettemin mag het tekenend voor de politieke stemming worden genoemd dat koningin Wilhelmina het kennelijk juist in die tijd nodig oordeelde een memorandum te laten uitbrengen over de mogelijkheid van bondgenootschappen. Op basis van een herformulering van traditionele overwegingen werd in dit beleidsstuk aansluiting bij een der omringende grote landen overigens opnieuw afgewezen: een bondgenootschap met een landmogendheid (Duitsland of eventueel Frankrijk) zou de koloniën onbeschermd laten, terwijl een alliantie met een zeemogendheid (Engeland) het moederland onvoldoende zou vrijwaren van mogelijke agressie. De conclusie dient dan ook te worden getrokken dat, ondanks een zekere schijn van het tegendeel, Nederland in de jaren 1904-1905 niet is afgeweken van de reeds zolang aangehouden koers van neutraliteit. In het parlement gingen in de daarop volgende jaren serieuze stemmen op om aan de onzijdigheid van Nederland een permanent karakter te geven.
Zie voor het nader onderzoek naar Kuyper’s houding ten aanzien van toenadering tot Duitsland: J. Fokkema, De buitenlandse politiek van Kuyper of Kuyper en de buitenlandse politiek?, in: Anti-revolutionaire staatkunde, 42 (1972), pp. 289-300.
Zie voor de vindplaats van Wilhelmina’s memorandum over de mogelijkheid van bondgenootschappen, de Nota “Voor- en nadeelen van een bondgenootschap”: C. Smit, Bescheiden betreffende de buitenlandse politiek van Nederland 1848-1919, deel ll, 1903-1907, ‘s-Gravenhage, 1958, nr.412.