Na de oorlog werd sterk aangedrongen op hervorming van de Buitenlandse Dienst (BD), onder meer tot uiting komende in een eerdere rekrutering van aanstaande diplomaten. Buitenlandse Zaken moest worden aangepast aan de nieuwe naoorlogse sociale en politieke verhoudingen. Het belang van de buitenlandse politiek, zo werd betoogd, was te groot om die in de handen te laten van een beperkte, traditionele groep mensen uit de samenleving. Nog steeds had de adellijke stand binnen de Dienst de overhand. Ook speelde mee dat de Buitenlandse Dienst door de oorlogsperiode in opspraak was gekomen. Deze werd onder meer falend beleid verweten bij de hulpverlening aan Nederlandse vluchtelingen. De uiteindelijke rapportage hierover viel eind jaren veertig echter redelijk gunstig uit. Toch was men van mening dat de selectie van kandidaten voortaan meer op inhoud dan op afkomst moest gebeuren. De opleiding zou moeten worden verbeterd. Het gebrek aan economische kennis bij de diplomaten van Buitenlandse Zaken, was één van de oorzaken geweest dat de buitenlandse economische politiek naar Economische zaken was overgeheveld. Voorts ging het sommige politieke partijen er ook om dat mensen uit hun eigen partij tot de Buitenlandse Dienst zouden toetreden. Slechts weinig diplomaten waren van katholieke of socialistische huize.

Het departement was in de naoorlogse jaren klein en goedkoop.De honorering van de ambtenaren was nog gebaseerd op vooroorlogse salarissen, het aantal ambtenaren was nog steeds vrij klein. De Buitenlandse Dienst was in de oorlogsjaren sterk gegroeid. Als de rekrutering van de buitenlandse dienst moest worden gewijzigd, moest ook de honorering worden aangepast. Er kon niet meer worden gerekend op het bezit van persoonlijk fortuin. Een adequate honorering wenste de kamer wel te accepteren, de hoogte van representatiekosten was een andere zaak. De werkelijke „democratisering” van de Buitenlandse Dienst zou dan ook nog jaren duren.

De reorganisatie van 1945-1946 had het volgende resultaat. De Directie Protocol werd gehandhaafd, de afdeling Consulaire en Handelszaken werd gesplitst in de Directie Economische Zaken en de Directie Verkeer en Grote Rivieren. De Consulaire en Diplomatieke Diensten werden samengevoegd tot de Buitenlandse Dienst. De afdeling Diplomatieke Zaken werd omgezet in een Directie Politieke Zaken, deze werd begin 1948 gesplitst in vier bureaus, te weten die voor Europa, het Oosten, het Westelijk Halfrond en de Verenigde Naties.

Het groeiende belang van internationale organisaties was er de reden voor dat in de volgende kabinetsperiode een Directie Internationale Organisaties werd opgezet, naast regionale directies (de vier genoemde en een voor Afrika/Midden-Oosten). De vooroorlogse afdeling Juridische Zaken werd opgeheven, omdat voortaan juristen, verbonden aan de diverse directies, de taken van deze afdeling zouden vervullen. Een juridisch adviseur kreeg de taak de activiteiten van de verschillende juristen te coördineren. Een Directie Juridische en Administratieve zaken werd opgericht die zich bezig zou gaan houden met de zuiver juridische kanten van verdragen en zaken als paspoorten. Deze directie werd later bekend onder de naam Algemene Zaken.

Voorts kwam er een Directie Voorlichting Buitenland. Ten slotte werd er een Directie Inwendige Dienst opgericht, waartoe onder andere Comptabiliteit, Bibliotheek, Vertalers, Archief e.d. behoorden.

Als gevolg van het akkoord van Linggadjati, tussen Nederland en de Republiek Indonesië, werd op 1 april 1947 in Batavia een Directie Verre Oosten (DIRVO) opgericht. Dit was een agentschap van het Ministerie van Buitenlandse Zaken. Dit agentschap werd bij de soevereiniteitsoverdracht in 1949 opgeheven. De afzonderlijke Directie Duitsland, in Londen opgericht, werd kort na de bevrijding opgeheven en de staf werd als bureau Duitsland ondergebracht bij de Directie Economische Zaken. Dit bureau omvatte zowel een Marshallplan-sectie als een Duitsland-sectie ingericht door de Ministeries van Buitenlandse en Economische Zaken onder leiding van Dr. H.M. Hirschfeld.

De buitenlandse handel had in de oorlogsjaren geen bijzonder grote aandacht binnen het departement. Het departement van Landbouw, Handel en Nijverheid nam in de oorlogsjaren deel aan diverse internationale conferenties ter oprichting van internationale economische organisaties als het Internationale Monetaire Fonds (IMF). Deze conferenties vormden een belangrijk deel van de taken van de Nederlandse Economische Missie in het Westelijk Halfrond te Washington. Het Departement van Handel en Nijverheid hield zich in Londen bezig met de voorbereidingen van het handelspolitieke beleid in bevrijd Nederland.

Na de oorlog werd door minister-president Schermerhorn een commissie uit de Ministerraad ingesteld, de Raad voor Economische Aangelegenheden (REA). In juli 1945 diende de Minister voor Handel en Nijverheid, Ir. H. Vos, bij deze commissie een nota in betreffende de buitenlandse handel. In die nota werd gesteld dat de verantwoordelijkheid voor de buitenlandse handel in handen van Handel en Nijverheid diende te worden gelegd.. Dit ministerie richtte daartoe het Directoraat-Generaal Buitenlandse Economische Betrekkingen (BEB) op. In augustus 1945 werd een herziene nota ingediend. De inhoud van de vorige nota werd herhaald. Volgens minister Vos bestond er een absolute noodzaak van eenheid van leiding en optreden van de economische politiek ten opzichte van het buitenland. Voor regelmatig contact werd een Raad van departementsvertegenwoordigers voorgesteld waarvan de Directeur-Generaal voor de Buitenlandse Economische Betrekkingen als hoofd zou optreden, de Interdepartementale Raad voor de Handelspolitiek (IRHP). De economische afdelingen van de buitenlandse posten moesten in rechtstreeks contact komen staan met de Directeur-Generaal van BEB en van hem instructies ontvangen, in nauw overleg met het departement van Buitenlandse Zaken. In de economische afdelingen van de posten in het buitenland zouden bovendien vertegenwoordigers van Landbouw, van Financiën en van Indische Zaken worden geplaatst. Buitenlandse Zaken bleef verantwoordelijk voor de ambtenaren op de diplomatieke posten, hetgeen betekende dat deze gespecialiseerde ambtenaren onder de Chef-de-poste vielen.

Het beleid zou worden vastgesteld door de IRHP, die onder leiding zou komen te staan van de directeur-generaal van de BEB, onder verantwoordelijkheid van de REA.

De voorstellen leidden tot veel strijd. Buitenlandse Zaken bleef vasthouden aan de gedachte dat de buitenlandse economische politiek onder het Ministerie van Buitenlandse Zaken moest vallen. Dit departement kon het buitenlands economisch beleid het beste coördineren, omdat het als niet economisch belanghebbend, geen eigen belangen had in relatie tot de verschillende economische departementen. Het buitenlands economisch beleid ging niet alleen Handel en Nijverheid aan, maar ook andere departementen. De BEB werd beschouwd als onvoldoende competent voor een interdepartementale taak. De oplossing lag in de instelling van verschillende afdelingen op de ministeries voor de behandeling van de buitenlandse economische politiek. Op Buitenlandse Zaken was dat de Directie Economische Zaken. Een Regeringscommissariaat voor de Buitenlandse Economische Aangelegenheden (RCBEA) werd ingesteld voor de dagelijkse leiding. Dit college kwam onder leiding van de Directeur Economische Zaken van Buitenlandse Zaken. De IRHP bleef op de bestaande voet gehandhaafd, voor behandeling van algemene vraagstukken. De REA bleef op ministerieel niveau directieven geven. Zo ontstond een werkelijke permanente samenwerking op voet van gelijkheid en eenheid van beleid.

Onder een nieuwe regering kwam het tot een mandaat voor de BEB. Al voor de oorlog was gesproken over de overbrenging van het buitenlands economisch beleid naar Buitenlandse Zaken. Dat was nooit gebeurd omdat structuur en apparaat van dat ministerie toen niet berekend waren op intensieve, voor het bedrijfsleven aanvaardbare behandeling van economische kwesties. Dit gold ook nog in 1946. Samenvoeging van de BEB met Buitenlandse Zaken werd afgewezen door het Ministerie van Handel en Nijverheid. Op 16 oktober 1946 werd het mandaat van de BEB vastgelegd. De BEB kreeg minder bevoegdheden dan Handel en Nijverheid oorspronkelijk voor ogen had gehad. De BEB coördineerde, en voerde bilaterale onderhandelingen, maar in Den Haag waren geen vertegenwoordigers van andere ministeries bij en onder de BEB geplaatst. Ook op de buitenlandse posten stonden die vertegenwoordigers naast en niet onder de Economische Raad.

In 1946 had het ministerie 68 ambtenaren in vaste dienst, en 146 in tijdelijke dienst of op arbeidscontract. Van de ambtenaren in vaste dienst waren er circa 20 uit de Buitenlandse Dienst gedetacheerd. De Buitenlandse Dienst was ten opzichte van 1940 sterk uitgebreid. Dat kwam onder andere omdat tijdens en na de oorlog gezantschappen waren gevestigd in landen waar Nederland voorheen geen of slechts consulaire betrekkingen mee had. Ook waren de staven van gezantschappen, gevestigd in landen waar Nederland intensieve betrekkingen mee onderhield, sterk vergroot. Landen als de Verenigde Staten en Groot Brittannië konden daartoe worden gerekend. Daarbij was geen rekening gehouden met de staven van de Nederlandse Militaire Missies in Duitsland en Japan, omdat het personeel daar tijdelijk was gedetacheerd. In Berlijn waren in 1946 262 ambtenaren en in Tokio 31 ambtenaren gedetacheerd. In 1947 waren er 282 ambtenaren in de Buitenlandse Dienst, vergeleken met slechts 131 in 1940. In 1949 waren 397 ambtenaren in dienst. Het aantal ambtenaren in de Buitenlandse Dienst was ten opzichte van 1946 verdubbeld.

Zie verder over de eerste na-oorlogse reorganisatie: