De Vereniging van 1892, die 394 Afgescheiden en 306 Dolerende gemeenten samenbracht in een zelfde kerkverband, was in feite na zeer korte voorbereiding gerealiseerd. Plaatselijk liepen de consequenties uiteen. In Groningen, Drente, Overijssel en in mindere mate Zeeland en Noord-Brabant domineerden de Afgescheidenen, elders was op provinciaal niveau meer sprake van evenwicht. Slechts 112 plaatsen kenden kerken van beide achtergronden. Daar nam de vereniging der kerkelijke gemeenten (met letters A en B of zelfs C aangeduid) een aantal jaren, in enkele gevallen tientallen jaren, in beslag. Lokale tradities en persoonlijke tegenstellingen, verschillen in mentaliteit en sociale structuur vormden daarvan de achtergrond.

Een klein deel der Christelijke Gereformeerde Kerk hield zich in 1892 afzijdig van de Vereniging met de Dolerenden. Een maand nadat deze een feit was geworden, kwamen afgevaardigden van een viertal gemeenten en enkele andere personen te Utrecht bijeen. Onder leiding van dr. F.P.L.C. van Lingen (1832-1912), rector van het eerste christelijk gymnasium te Zetten, en ds. J. Wisse Czn (1843-1921) constitueerden zij zich als de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland, voortzetting van de kerken der Afscheiding zoals sinds 1869 georganiseerd. De aanwezigen koesterden tegen de Vereniging kerkrechtelijke bezwaren (tot eenheid was zonder raadpleging van de kerkleden door de kerkelijke organen van bovenaf besloten). Zij hadden bovenal confessionele moeite met een samengaan met de dolerenden vanwege Kuypers visie op de kerk en zijn leer van de veronderstelde wedergeboorte als grondslag van de doop van kinderen van gemeenteleden. Anders dan de meerderheid der Christelijke Gereformeerden die de Vereniging had aanvaard omdat deze plaats vond op basis van de drie Formulieren van Eenheid en niet op grond van Kuypers theologie, oordeelden Van Lingen c.s. dat Kuypers opvattingen als strijdig met de confessie intolerabel waren. Op de achtergrond speelde niet slechts afkeer van Kuypers denkbeelden en gevreesde dominantie, maar vooral ook een andere religieuze mentaliteit, gekenmerkt door de sobere introverte Afgescheiden tradities en door een behoudende en duidelijk bevindelijke inslag. De Christelijke Gereformeerde Kerk groeide de eerste jaren door toetreding uit de Gereformeerde Kerken, de Gereformeerde Kerken onder het kruis en van diverse vrije gemeenten snel en omvatte in 1899 55 gemeenten, 19 predikanten en bijna 55.000 zielen. Dit aantal bleef daarna geruime tijd stabiel, vertoonde in het Interbellum enige daling (tot ruim 50.000 in 1930) en daarna een duidelijke groei (tot bijna 68.000 in 1947). Procentueel betekende dat een daling van 1,1 tot 0,7 procent van de Nederlandse bevolking. De Christelijke Gereformeerde Kerk opende 11 september 1894 te ’s-Gravenhage een Theologische School voor de opleiding van predikanten; deze werd in 1919 naar Apeldoorn verplaatst.

Ook binnen de Gereformeerde Kerken bleef de Afgescheiden traditie herkenbaar. Zij manifesteerde zich onder meer in grote gehechtheid aan de eigen kerkelijke theologische opleiding te Kampen en had in De Bazuin en De Wachter haar eigen persorganen. Na jaren van conflict werd het twistpunt van de predikantsopleiding in 1902 opgelost door de erkenning van de Vrije Universiteit en de Kamper Theologische Hogeschool beide; ook de daarop gevolgde overstap van twee docenten en de meeste studenten van Kampen naar Amsterdam deed dat compromis niet teniet. Op de synode van Utrecht (1905) werd vervolgens ook een compromis aanvaard inzake Verbond en Doop. Diezelfde synode volgde Kuyper in zijn voorstel tot schrapping van de zinsnede uit artikel 36 van de Nederlandse Geloofsbelijdenis dat het de roeping van de overheid is „om te weren en uit te roeien alle afgoderij en valschen godsdienst, om het rijk des antichrists te gronde te werpen”. Met deze afwijzing van de idee van de traditionele theocratie versterkte Kuyper de eigen identiteit van de Gereformeerde Kerken. Die werd voorts gekenmerkt door organisatorische elementen zoals de nadruk op de zelfstandigheid van de plaatselijke gemeenten, de beklemtoning van het kerkelijk karakter van diaconaat en zending, door uniforme liturgische vormgeving en grote nadruk op (theologische) scholing via een goed georganiseerd stelsel van kerkelijke verenigingen. Participatie daaraan was voor deze kerngroep uit de orthodox-protestantse zuil even vanzelfsprekend als het volgen van christelijk onderwijs, stemmen op de ARP, lidmaatschap van een CNV-vakbond en van de NCRV. De Gereformeerde Kerken vormden veelszins een besloten Kuyperiaans bolwerk.

Na de Eerste Wereldoorlog zette de „beweging der jongeren” vraagtekens bij Kuypers cultuuroptimisme en gesloten theologisch stelsel, als ook bij de beslotenheid van de gereformeerde leefwereld. Maar de synode van Leeuwarden van 1920 bekrachtigde de afzetting van ds. J.B. Netelenbos die door voor te gaan in de Nederlandse Hervormde Kerk Afscheiding en Doleantie verloochende. Diezelfde synode ontraadde het lidmaatschap van de oecumenisch gezinde Nederlandse Christen Studenten Vereniging. De synode van Assen (1926) trad vervolgens op tegen dr. J.G. Geelkerken (1879-1960) van Amsterdam-Zuid, omdat deze met zijn weigering het spreken van de slang in Genesis als „zintuiglijk waarneembare werkelijkheid” op te vatten, het Schriftgezag discutabel stelde. Geelkerken werd met zijn kerkenraad afgezet, een lot dat ook een aantal andere predikanten trof. Zij vormden de Gereformeerde Kerken in Hersteld Verband. Deze telden bij de volkstelling van 1930 5597 zielen, in 1941 ongeveer 7000, verdeeld over 23 gemeenten met 19 predikanten. De „Hersteld Verbanders”, die in Woord en Geest een eigen weekblad hadden, waren kritisch tegenover de verzuiling en stonden open voor sociale en theologische vernieuwing. Zij waren relatief sterk betrokken bij de CDU. In 1946 herenigden de Gereformeerde Kerken in Hersteld Verband zich met de Nederlandse Hervormde Kerk.

Ook na Assen 1926 bleven de dominante traditionele Kuyperiaanse opvattingen niet onweersproken. Aan de Vrije Universiteit ontwikkelden prof.dr. H. Dooyeweerd (1894-1977) en prof.dr. D.H.Th. Vollenhoven (1892-1978) de Wijsbegeerte der wetsidee, die een calvinistische wijsbegeerte beoogde te zijn en een uitwerking van door Kuyper en H. Bavinck gelegde grondslagen. Een bekende vernieuwer was ook de autodidact A. Janse (1890-1960), schoolmeester te Biggekerke. Invloedrijk was ook dr. Klaas Schilder (1890-1952), hoofdredacteur van het weekblad De Reformatie en hoogleraar dogmatiek te Kampen sinds 1934. Schilder probeerde de uitdaging van de ontkerstening van samenleving en cultuur te beantwoorden met behulp van een relevante vernieuwde calvinistische theologie en een daaruit levende kerk. Onder afwijzing van bevindelijk mysticisme wilde hij uitgaan van de stellige beloften betreffende de heilszekerheid in het kader van het verbond van God met de mensen. Schilder maakte dus front tegen de dialectische theologie, maar hij botste ook tegen oude en nieuwe interpretaties van Kuypers opvattingen over bijvoorbeeld de pluriformiteit van de kerk en de gemene gratie. Schilder, die dynamisering van het kerkzijn wenste en een gedreven polemicus met groeiende aanhang was, botste vooral tegen de heersende meningen en de dominante elite binnen de Gereformeerde Kerken. In 1936 wist hij, ondanks verzet van de hoogleraar kerkrecht aan de Vrije Universiteit H.H. Kuyper (1864-1940), de synode van de Gereformeerde Kerken tot een veroordeling van de Nationaal-Socialistische Beweging (en de Christelijk-Democratische Unie) te bewegen. Maar diezelfde synode benoemde een deputaatschap dat van de gangbare leringen afwijkende opvattingen (als van Schilder, Dooyeweerd en A. Janse) moest toetsen; een der leden, de VU-dogmaticus V. Hepp (1879-1950), publiceerde daarover een reeks brochures onder de sprekende titel Dreigende deformatie (1936-1937). De kerkelijke behandeling van de leergeschillen (ondanks verzoeken daartoe omwege van oorlog en bezetting niet stopgezet) leidde in 1942 tot synodale leeruitspraken over algemene genade, verbond en doop en de onsterfelijkheid van de ziel, waartegen vanuit de kerken veel bezwaren werden aangetekend, wat echter niet tot revisie maar tot verbindendverklaring ervan leidde.

Schilder en zijn medestander de Kamper Nieuwtestamenticus prof.dr. S. Greydanus (1871-1948), die tegen deze inperking van de in 1905 overeengekomen ruimte in beroep gingen en bovendien het synodale optreden in strijd met het regerend kerkrecht oordeelden, werden in 1944 wegens scheurmakerij geschorst en afgezet. Op een vergadering van bezwaarden tegen het synodale optreden op 11 augustus 1944 las Schilder daarop de Acte van Vrijmaking of Wederkeer voor, die een verklaring was „het synodaal-hiërarchische en schools-leerstellige juk der synode af te werpen” op grond van het ambt der gelovigen en met beroep op art. 31 van de Dordtse Kerkenorde (dat voorschrijft besluiten van meerdere kerkelijke vergaderingen voor vast en bondig te houden, tenzij het beslotene bewezen wordt strijdig te zijn met het Woord Gods of de aangenomen kerkorde). In de daarop volgende maanden en jaren ging ruim tien procent van de leden der Gereformeerde Kerken over tot vrijmaking.

De Gereformeerde Kerken (onderhoudende art. 31 DKO – een slechts ter voorkoming van postale verwarring aangenomen aanduiding, sinds de late jaren zestig vervangen door de toevoeging: Vrijgemaakt) kenmerkten zich als een confessioneel-orthodoxe voortzetting van de vooroorlogse Gereformeerde Kerken. Zij wezen de idee van de pluriformiteit van de kerk af en onderstreepten zowel de eigen aard van de kerk als de confessionele binding van christelijke organisaties. De Gereformeerde Kerken (Vrijgemaakt) handhaafden een interpretatie van de Dordtse kerkenorde die de zelfstandigheid van de plaatselijke kerken beklemtoont en afwijzend is tegenover centraal-kerkelijke instanties en hun uitspraken over maatschappelijke ontwikkelingen. Zij bleven ook bij de kerkelijke organisatie van evangelisatie en diaconaat. Op grond van het zogenaamde Ethisch conflict (tussen kerkelijke uitwerping als scheurmakers en aanvaarding als broeders in christelijk-sociale organisaties) onttrokken de vrijgemaakten zich aan tal van christelijke organisaties. Mettertijd werd (niet zelden tegen aanvankelijk hoge kosten) in plaats daarvan een „vrijgemaakte” minizuil opgebouwd, met een eigen pers (inclusief het Nederlands Dagblad, sinds 1948 onder hoofdredactie van P. Jongeling), politieke partij (Gereformeerd Politiek Verbond, 1948), maatschappelijke organisatie (Gereformeerd Maatschappelijk Verbond, 1952) en een netwerk van onderwijs- en zorginstellingen.

De vormgeving van de vrijgemaakte identiteit ging niet zonder interne spanningen en conflicten. Aanvankelijk stond de relatie en eventuele hereniging met de (synodaal-)Gereformeerde Kerken daarbij centraal, later vooral de problematiek van de zogenaamde doorgaande reformatie ter oprichting van eigen organisaties. Het leidde in 1967 tot een breuk in de vrijgemaakte kerken, waarbij een aantal kerken buiten het kerkverband werd geplaatst. De zogenaamde buitenverbanders vervingen de Dordtse kerkenorde door een Accoord van Kerkelijk Samenleven dat plaatselijke kerken nog meer vrijheid gaf en noemden zich sinds 1969 Nederlands Gereformeerde Kerken; zij telden toen ongeveer 25.000 zielen.

Literatuur over de Vereniging van 1892 is verschaft in paragraaf 5.5; een opgave van de betrokken kerken en van hun tijdstip van samengaan geeft G.J. Schutte e.a., De Vereniging van 1892 en haar geschiedenis, Kampen 1992, pp. 232-237; zie aldaar pp. 183-213 voor een exemplarische analyse van een der laatste fusies (1925) door A.Th van Deursen, „Opgaan langs gescheiden wegen. Het geval Sint Anna Parochie”. Literatuur over de zelfstandig gebleven Christelijke Gereformeerde Kerk:

Voor de ontwikkelingen in de Gereformeerde Kerken in Nederland na 1892 zijn van belang:

Het eigen karakter van de Gereformeerde Kerken kwam duidelijk uit in haar kerkrechtelijk-organisatorische aspecten:

Evenzo in de door Kuyper gestempelde liturgie: A. Kuyper, Onze Eeredienst, Kampen, 1911.

En in het patroon van de „gereformeerde zede”:

Hoezeer de „terreinen des levens” ook onderscheiden werden, Kuyperiaanse gereformeerden waren in kerk, staat en maatschappij op vele gebieden actief en domineerden de protestants-christelijke zuil veelszins, zowel ideologisch als praktisch:

Voor 1926 en de Gereformeerde Kerken in Hersteld Verband kan verwezen worden naar:

Voor de ontwikkelingen in de jaren dertig en het in 1944 culminerend conflict zijn, behalve de hierboven reeds genoemde werken, van belang:

Voor de Vrijmaking en de geschiedenis van de Vrijgemaakte Gereformeerde kerken sindsdien zijn van belang: