Het Ministerie van Defensie is ontstaan als samensmelting van de ministeries van Oorlog en Marine. In het recente verleden werd de taak van het Ministerie van Defensie bepaald door een verdedigingspolitiek, waarbij de bezwering van de bedreiging door de landen in het Oostblok centraal stond. De veranderde internationale machtsverhoudingen als gevolg van de omwenteling in Oost Europa zijn de aanleiding geweest voor een fundamentele herijking van de taakstelling van Defensie. Aangezien in het post-communistische tijdvak een duidelijke herkenbare vijand afwezig is, is de onoverzichtelijkheid van de internationale verhoudingen navenant toegenomen. Onduidelijkheid over de toekomstige inhoud van het te voeren beleid is daarvan het gevolg. Gepoogd wordt de krijgsmacht zodanig om te vormen dat het op flexibele wijze kan worden ingezet om de internationale vrede- en veiligheidstaken te kunnen uitvoeren.

Vanwege de band van de krijgsmachtonderdelen landmacht, marine en luchtmacht met de ministeriële secretarie is de organisatie van Defensie buitengewoon gecompliceerd. De algemeen politieke onderwerpen vallen onder de verantwoordelijkheid van de centrale organisatie en meer in het bijzonder de Directie Algemene Beleidszaken. Advisering over het operationele beleid en internationaal militaire samenwerking en daarnaast de sturing en bewaking van de defensieplanning ligt in handen van de Defensiestaf. Het ministerie fungeert daarnaast als een ondersteunende organisatie ten behoeve van de krijgsmacht. Drie directoraten-generaal zijn verantwoordelijk voor een bepaalde middelenfunctie. Deze directoraten-generaal zijn:

Buiten deze directoraten-generaal staan de drie krijgsmachtonderdelen: marine, landmacht en luchtmacht en het wapen der koninklijke marechaussee.