Het college van B&W wordt ambtelijk bijgestaan door de gemeentesecretaris, het hoofd van de ambtelijke organisatie van de gemeente. Zoals de griffier wordt benoemd door de gemeenteraad, wordt de gemeentesecretaris benoemd door het college van B&W. Vóór de dualisering werd de gemeentesecretaris benoemd door de gemeenteraad, het college had slechts een recht van aanbeveling. De combinatie van het ambt van burgemeester met de functie van gemeentesecretaris is sinds 1992 wettelijk onmogelijk gemaakt.
Zie over de positie van de gemeentesecretaris:
- C. Cox e.a., En bracht de schare tot kalmte. Bespiegelingen over de gemeentesecretaris door de eeuwen heen, Den Haag, 1997
- J. Berveling, M.J.E.M. van Dam, G.H.J.M. Neelen en S. de Haas, “De deugd in het midden”. Over de sleutelpositie van de gemeentesecretaris, Delft, 1997
- P.M. Renou en A.H.A. Lutters, De verander(en)de gemeentesecretaris, Ooststellingwerf/Maastricht, 1993
- Rondom de gemeentesecretaris, discussienota over bestuurlijke ontwikkelingen en hun ambtelijke consequenties, Den Haag, VNG, 1980
- Th. Oosterwijk, De gemeentesecretaris, Leiden, Assen, 1955.