In het begin werd de controle op de financiën van de Republiek der Verenigde Nederlanden verricht door de Raad van State en later door de Staten-Generaal. De Staten-Generaal stelde echter een instructie vast waarin de oprichting van een rekenkamer was voorzien. De Staten-Generaal had de bedoeling de Rekenkamer te laten functioneren „tot dienste der Vereenighde Landen, weghneminge van alle wantrouwen, invoeringe van liefde, vriendtschap ende goedt betrouwen onder de respective Vereenighde Provincien”.

Een essentieel verschil tussen de Generaliteitsrekenkamer en de vroegere rekenkamer is dat zij niet in dienst stond van een absolutistisch vorst, maar van de Staten-Generaal en uiteindelijk van de provincies. De Generaliteitsrekenkamer werd dan ook gevormd door 14 afgevaardigden uit de provincies die rapporteerden aan de Staten-Generaal. Hun taak was de betalingen te controleren om zo de bijdrage van de gewesten aan de generaliteitsuitgaven te kunnen nagaan. Naast de controle op comptabelen kreeg de Rekenkamer in 1651 tevens de taak om de ordonnateurs, degenen die aan de comptabele de opdracht tot betaling of inning gaven, te controleren. Deze controle op de ordonnateur, was een controle vooraf. De instelling van deze voorcontrole is te verklaren uit het wantrouwen van de provincies tegen het centrale bewind in ’s-Gravenhage.