De term „zelfstandig bestuursorgaan” is door Scheltema geïntroduceerd in zijn in 1974 uitgesproken en gepubliceerde Groningse oratie. De oorsprong van dit verschijnsel ligt verder terug in het verleden. Zo stammen de Kiesraad en de Voogdijraad uit de vorige eeuw, terwijl de Rijksuniversiteit Leiden in 1575 is opgericht. Ook na 1945 heeft er een sterke groei van het aantal zelfstandige bestuursorganen plaatsgevonden. Scheltema heeft een lang bestaand verschijnsel benoemd en geanalyseerd. Zijn oratie bevatte tevens een pleidooi voor de oprichting van nieuwe zelfstandige bestuursorganen. Hij bepleitte de instelling van nieuwe zelfstandige bestuursorganen om de door hem geconstateerde uitholling van de ministeriële verantwoordelijkheid tegen te gaan. Die uitholling zou veroorzaakt worden door de toegenomen omvang van de overheidstaken en het ambtelijk apparaat. Bewindspersonen zouden steeds minder hun politieke verantwoordelijkheid waar kunnen maken. Het zou voor de bewindspersonen onmogelijk zijn alle beslissingen, die in hun naam genomen worden, te controleren. Scheltema dacht een oplossing te vinden in het afstoten van taken en de overdracht aan nieuw te creëren zelfstandige bestuursorganen. Kenmerkend voor zelfstandige bestuursorganen is dat deze organen niet volledig onder de ministeriële verantwoordelijkheid vallen en daarom ten opzichte van de minister een zekere mate van zelfstandigheid bezitten.
Aanvankelijk kregen de ideeën van Scheltema in wetenschappelijk en politieke kring weinig weerklank, maar op het eind van de jaren tachtig en in de jaren negentig nam de belangstelling voor zelfstandige bestuursorganen sterk toe. Zelfstandige bestuursorganen pasten in de door de Externe Commissie Organisatie en Functioneren van de Rijksdienst (Commissie Wiegel) geconstateerde en gepropageerde scheiding tussen beleid en uitvoering. Het kerndepartement zou zich bezig dienen te houden met beleidsvoorbereiding terwijl de uitvoering uitbesteed zou moeten worden aan onder andere zelfstandige bestuursorganen. Scheltema’s pleidooi begon effect te vertonen; zij het met een vertragingsfactor van tenminste tien jaar. Deze hernieuwde hausse lijkt langzamerhand weer voorbij te zijn. Een eerste indicatie van de toenemende kritiek is te vinden in het rapport „Verantwoord verzelfstandigen” van de Commissie Sint (1995). De Algemene Rekenkamer is in zijn recente rapportages buitengewoon kritisch geweest terwijl de departementen steeds meer een voorkeur beginnen te krijgen voor zogenaamde agentschappen die wel volledig vallen onder de ministeriële verantwoordelijkheid en per definitie geen zelfstandige bestuursorganen zijn. Toch is enige voorzichtigheid op zijn plaats aangezien niet duidelijk is in hoeverre de kritiek in daden wordt omgezet.