Wat opvalt bij de bestudering van functioneel bestuur is de enorme variatie in taak, structuur en functioneren van deze lichamen. Er ligt geen alomvattend idee ten grondslag aan het huidig stelsel van functioneel bestuur. Het stelsel is een product van historische ontwikkelingen. Om toch enige ordening in het functioneel bestuur aan te brengen is het noodzakelijk enkele hoofdvormen te onderscheiden. In de eerste plaats kan een onderverdeling worden gemaakt in functioneel gedecentraliseerde lichamen die in de Grondwet staan genoemd en de functioneel gedecentraliseerde lichamen die niet in de Grondwet staan genoemd. Er zijn twee argumenten voor het hanteren van dit onderscheid. In de eerste plaats omvat de Grondwet de hoofdstructuur van ons staatsbestel. Rijk, provincies, gemeenten, waterschappen, bedrijfslichamen en beroepslichamen worden in de Grondwet genoemd. Deze functionele lichamen hebben daarmee een eigen positie in ons staatsbestel en vormen geen afgeleide of verlengstuk van bijvoorbeeld het Rijk. In de tweede plaats betekent de grondwettelijke status van deze lichamen dat afschaffing van een bepaald type lichaam dient te geschieden volgens de regels die gelden voor een grondwetswijziging. Meer concreet betekent dit, dat in tweede lezing een tweederde meerderheid in het parlement noodzakelijk is.

Bij de niet-grondwettelijke vormen van functioneel bestuur kan allereerst een verdeling worden gemaakt in publiekrechtelijke organisaties, die bij of krachtens de wet zijn opgericht (paragraaf 4) en privaatrechtelijke organisaties met publiekrechtelijke bevoegdheden (paragraaf 5). Deze onderverdeling is van belang voor de structuur en de democratische legitimering van deze organisaties. Bij publiekrechtelijke lichamen zijn deze aspecten in de instellingswet of -regeling geregeld. Bij de privaatrechtelijke organisaties volgt de structuur uit de regels van het privaatrecht. Tenslotte zijn bij publiekrechtelijke lichamen zonder een grondwettelijke basis zowel lichamen met als zonder eigen rechtspersoonlijkheid aan te treffen. Boek 2 van het Burgerlijk Wetboek geeft antwoord op de vraag wat onder publiekrechtelijke rechtspersonen moet worden verstaan. In artikel 2:1 van het BW wordt een opsomming gegeven van de volgende publiekrechtelijke rechtspersonen: „de Staat, de provincies, de gemeenten, de waterschappen, alsmede alle lichamen waaraan krachtens de Grondwet verordenende bevoegdheid is verleend.”. In lid 2 wordt verder gesteld: „Andere lichamen waaraan een deel van de overheidstaak is opgedragen, bezitten slechts rechtspersoonlijkheid, indien dit uit het bij of krachtens de wet bepaalde volgt.”

In het bovenstaande is met opzet de tegenwoordig vaak gebruikte term „zelfstandig bestuursorgaan” vermeden. De achtergrond is gelegen in de onduidelijkheid in de begripsbepaling. Er zijn verschillende definities in omloop. Hieronder zal dit begrip nader worden bezien. Duidelijk zal worden, waarom terughoudend met deze term moet worden omgegaan.