Een ministerie valt uiteen in een ministeriële secretarie of het kerndepartement, diensten, instellingen en adviesorganen. Onder de ministeriële secretarie vallen die onderdelen, die de politieke leiding rechtstreeks ter zijde staan.
Binnen een „traditionele” ministeriële secretarie kan allereerst de algemene leiding worden onderscheiden. Deze bestaat uit de secretaris-generaal en zijn of haar plaatsvervangers. De secretaris-generaal heeft de ambtelijke leiding over het ministerie. De positie van de secretaris-generaal als eerste ambtenaar is geformaliseerd in het Koninklijk Besluit van 18 oktober 1988. De feitelijke macht van de secretaris-generaal kan van ministerie tot ministerie verschillen. De secretaris-generaal wordt veelal terzijde gestaan door een plaatsvervanger. De plaatsvervangend secretaris-generaal heeft meestal het interne management van de ministeriële secretarie in zijn of haar portefeuille. Tevens kunnen ter vervanging van de secretaris-generaal, loco-secretarissen-generaal worden aangesteld. De loco-secretarissen-generaal voeren hun functie uit als nevenactiviteit.
De politieke en ambtelijke leiding wordt ondersteund door het bureau secretaris-generaal. Het bureau secretaris-generaal verleent assistentie bij de intra- en interdepartementale coördinatie van de beleidsontwikkeling. Daarnaast worden door dit bureau de parlementaire aangelegenheden in procedurele zin behandeld, het secretariaat van algemene stafvergaderingen gevoerd en de behandeling van ministerraadstukken gecoördineerd.
De term „algemene leiding” is wat misleidend. De algemene leiding is niet altijd feitelijk hiërarchisch bovengeschikt aan de beleidsonderdelen. Naast de algemene leiding vormen de beleidsonderdelen de kern van de ministeriële secretarie. De hoofdonderdelen van een ministerie die zich bezighouden met de beleidsontwikkeling worden gewoonlijk directoraten-generaal genoemd. Uitzonderingen op dit model worden hieronder besproken. Als gevolg van hun greep op de beleidsontwikkeling mag het belang van de directoraten-generaal in het „intradepartementale” krachtenspel niet onderschat worden. Vanwege de sterke positie van de directoraten-generaal wordt soms opgemerkt, dat een ministerie geen hechte eenheid is, maar slechts een bundeling van directoraten-generaal. Dit is geen wet van meden en perzen. De interne krachtsverhoudingen worden bepaald door de „zwaarte” van de secretaris-generaal en de directeuren-generaal, het belang van het takenpakket van de directoraten-generaal en de homogeniteit van het departementale taakterrein. Voorts spelen de ministeriële cultuur en traditie een rol. Elk directoraat-generaal valt op zijn beurt uiteen in directies en de directies weer in (hoofd)afdelingen en hoewel minder dan vroeger, zijn deze afdelingen weer in bureaus of (tegenwoordig) secties onderverdeeld.
Boven is de traditionele vorm van de ministeriële secretarie besproken. Enkele ministeries zoals bijvoorbeeld Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen en Volksgezondheid, Welzijn en Sport kennen een zogeheten bestuursraadstructuur. De secretaris-generaal en de directeuren-generaal vormen een zogeheten bestuursraad. De bestuursraad dient de minister te adviseren over politieke aangelegenheden van belang voor het ministerie, de strategische beleidsvorming en het interne management. De gedachtengang is dat door middel van deze structuur de interne verkokering binnen het departement kan worden tegengegaan. In dit bestuursraadmodel geven de directeuren-generaal (formeel) geen leiding aan een directoraat-generaal. De basisonderdelen zijn de directies, die elk in bezit zijn van een eigen budgetverantwoordelijkheid. De secretaris-generaal en de directeuren-generaal beschikken elk over een eigen portefeuille met beleidsonderwerpen. De ervaringen met dit model zijn tot op heden niet onverdeeld gunstig.
Naast de algemene leiding en de beleidsonderdelen zijn ten slotte binnen een ministeriële secretarie ondersteunende stafdirecties en -afdelingen aanwezig. De ondersteunende functie kan gelegen zijn op het terrein van het interne management van het ministerie, de externe voorlichting en de ondersteuning van bijvoorbeeld de wetgeving en de advisering ten aanzien van algemene juridische aangelegenheden.
Elk ministerie kent, naast de ministeriële secretarie, diensten, instellingen en overleg- en adviesorganen. De diensten zijn belast met uitvoering van beleid en instellingen zijn organisaties die verbonden zijn met het ministerie. De wijze waarop de diensten aan het ministerie zijn opgehangen verschilt. Hoewel de bewindspersonen per definitie politiek verantwoordelijk zijn voor de ministeriële diensten kan een dienst voor het interne beheer en de bedrijfsvoering een kleinere of grotere mate van zelfstandigheid bezitten. Is het laatste geval spreekt men van een agentschap. Tevens beschikt elk departement over een externe deskundigenraad, die de minister kan adviseren over onderwerpen van belang voor het ministerie. De externe advisering is in het verlengde van het advies van de bijzondere Commissie Vraagpunten Adviesorganen gesaneerd. Aanleiding voor de sanering is de kritiek geweest dat het grote aantal adviesorganen het primaat van de politiek dreigde aan te tasten. De scheidslijn tussen advisering en (beïnvloeding van de) besluitvorming zou onduidelijk zijn geworden.