Meteen na de Japanse verrassingsaanval op Pearl Harbour op 7 december 1941 verklaarde Nederland Japan de oorlog. Niet lang daarna zouden de strijdkrachten in Nederlands-lndië voor de Japanse wapens moeten buigen. De Nederlandse capitulatie op 8 maart 1942 luidde een Japanse bezetting van het overzeese gebied in, die tot 15 augustus 1945 zou voortduren. Wat betreft de voortzetting van het koloniale bestuur over Oost-Indië na beëindiging van de oorlog was het oorlogskabinet onder leiding van de Anti-Revolutionaire politicus P.S. Gerbrandy voorzichtig tot het inzicht gekomen dat een nieuwe aanpak geboden zou zijn. Op 6 december 1942 hield Wilhelmina een rede, waarin zij het recht op zelfbeschikking van de inlandse bevolking erkende en de weg naar samenwerking aanduidde tussen Nederland en Indië op voet van gelijkheid in het kader van een grondwettelijke unie.

Ook op het vlak van de buitenlandse betrekkingen was de houding van de Nederlandse vorstin niet vrij van eigenzinnigheid. In 1942 (d.w.z. nadat het betrokken land bondgenoot van de geallieerden was geworden) bood zij nog steeds weerstand tegen het voorstel van Van Klefrens om diplomatieke vertegenwoordigers met de SovjetUnie uit te wisselen. Ditmaal moest zij evenwel toegeven. Nog meer bezwaren maakte de koningin een jaar later tegen het voornemen over te gaan tot wederinstelling van het gezantschap bij de Heilige Stoel. Pas nadat het gehele kabinet met aftreden had gedreigd, liet zij haar bedenkingen vallen.