Zowel voor als na 1869 onverenigd met de Christelijke Gereformeerde Kerk bleef een aantal zogenaamde Ledeboeriaanse gemeenten. De Hervormde predikant van Benthuizen, ds. L.G.C. Ledeboer, was in 1840 geschorst nadat hij gezangenbundel en Reglement openlijk uit zijn kerk gebannen had. De Ledeboerianen hielden vast aan de oude zestiende-eeuwse psalmberijming van Datheen, betreurden de „breuke Sions” (het teloorgaan van de theocratie en de dominante positie van de Gereformeerde kerk) en beklemtoonden de noodzaak van strenge zondagsheiliging en afkeer van wereldgelijkvormigheid.

In 1907 verenigde ds. G.H. Kersten de meerderheid der Lede-boeriaanse gemeenten met de Gereformeerde kerken onder het kruis. Een negental Ledeboeriaanse gemeenten bleef echter buiten dit nieuwe kerkverband der Gereformeerde Gemeenten en vormde de Oud-Gereformeerde Gemeenten. Zij zouden in 1948 samengaan met het in 1922 gestichte federatief Verbond van Oud-Gereformeerde Gemeenten tot de Oud-Gereformeerde Gemeenten in Nederland.