Het Ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij is opgericht om specifieke doelgroepen te bedienen: boeren en vissers. Vandaar dat dit ministerie in het verleden in de bestuurswetenschappelijke literatuur een clientèle ministerie is genoemd. Bewindspersonen, topambtenaren, politieke woordvoerders in de kamer en vertegenwoordigers van de branches zijn (waren) gezamenlijk betrokken bij de beleidsvoorbereiding en -uitvoering. De hechte samenwerking tussen het ministerie, de relevante belangengroepen en de vakspecialisten in de kamer wordt het Groene Front genoemd. Het gevolg van deze samenwerking is dat de beleidsvorming op dit terrein een gesloten (sectoraal) karakter draagt. Die sectorale geslotenheid behoort meer en meer tot het verleden. Veranderingen in het Europees landbouwbeleid en het toenemend belang dat door politiek en samenleving wordt gehecht aan het milieu hebben geleid tot een omslag in de rol van het ministerie. Er wordt minder voor en door de doelgroepen bestuurd en meer centraal gereguleerd.

Het ministerie heeft een bestuursraadstructuur. De centrale beleidsdirecties zijn: Landbouw, Internationale zaken, Juridische zaken, Wetenschap en Kennisoverdracht, Visserij, Industrie en Handel, Natuurbeheer, Groene Ruimte en Recreatie, Milieu, Kwaliteit en Gezondheid en de „Chief Veterinary Officer”. Verder zijn er vier regiodirecties. Naast deze beleidsonderdelen beschikt het ministerie over de volgende diensten: Algemene inspectiedienst, LASER, Rijksdienst voor de Keuring van Vee en Vlees, Dienst Landelijk Gebied, Dienst Landbouwkundig Onderzoek, Staatsbosbeheer en de Planteziektenkundige Dienst.