Nederland speelde een rol bij de toepassing van het mensenrechtenverdrag van de Raad van Europa uit 1950 op Griekenland, waar begin 1967 een militaire staatsgreep de parlementaire democratie buiten werking had gesteld. De strategie van het Tweede Kamerlid M. van der Stoel berustte op schorsing van Griekenland als lid van de Raad van Europa, een klacht indienen bij de met het mensenrechtenverdrag verbonden Europese Commissie voor de Rechten van de Mens (toen het voorportaal van het Europese Hof voor de Rechten van de Mens) en het wijzen van de NAVO-bondgenoten op de strijdigheid van het Griekse kolonelsbewind met het NAVO-Handvest. Een vrijwel unaniem aangenomen motie-Van der Stoel vroeg de regering al het mogelijke te doen en te overwegen een klacht in te dienen bij de Europese Commissie voor de Rechten van de Mens. Minister van Buitenlandse Zaken J.M.A.H. Luns maakte het voorbehoud dat hij alleen samen met andere landen iets wilde ondernemen, maar zag deze ontsnappingsclausule sneuvelen toen Scandinavische landen klachten indienden. Ondanks bezorgdheid om de economische belangen diende ook de Nederlandse regering een klacht in. In februari 1968 werd Van der Stoel benoemd tot rapporteur voor de Raad van Europa. Hij bracht enkele bezoeken aan Griekenland. Het harde oordeel in Van der Stoels eerste rapport verraste de Griekse kolonels. De in het rapport gehanteerde objectiviteit en bezorgdheid over wat er in Griekenland gebeurde beïnvloedden de debatten in Straatsburg, waar Van der Stoel ook de conservatieve leden van de Parlementaire Vergadering overtuigde. Na zijn tweede rapport werd Van der Stoel als rapporteur de toegang tot Griekenland ontzegd. In januari 1969 deed de Parlementaire Vergadering de aanbeveling aan het Comité van Ministers om Griekenland als lid van de Raad van Europa te schorsen. Nadat het geheime rapport van de Europese Commissie voor de Rechten van de Mens, die de klachten van de Scandinavische landen en Nederland had onderzocht, was uitgelekt, trok Griekenland zich in december 1969, kort voordat het Comité van Ministers over de schorsing zou stemmen, uit de Raad van Europa terug en zegde het mensenrechtenverdrag op. Bij het herstel van de democratie in Griekenland in 1974 was Van der Stoel, inmiddels minister van Buitenlandse Zaken, wel welkom.

Ook Nederland zelf kreeg met verschillende verdragen van de Raad van Europa te maken. Op sociaal terrein bracht de Raad van Europa in 1961 het Europees Sociaal Handvest (ESH) tot stand. Nederland voelde er weinig voor dit te ratificeren. Het stakingsrecht dat sinds de spoorwegstakingen van 1903 aan ambtenaren werd onthouden, vormde de voornaamste belemmering. Pas in 1977 lieten de politieke verhoudingen het toe om het ESH in de Kamer te bespreken. Nederland ratificeerde in 1980 maar met een voorbehoud bij artikel 6.4 over het stakingsrecht. In de Nederlandse rechtspraak had dit artikel al sinds 1972 een rol gespeeld. Feitelijk oefende het ESH een rechtstreekse werking uit, ondanks het feit dat Nederland eerst niet ratificeerde en later met voorbehoud. Nadat lagere rechters begin jaren tachtig het overheidspersoneel al in beginsel stakingsrecht hadden toegekend, bevestigde de Hoge Raad in 1986 in twee arresten de rechtstreekse werking van artikel 6.4 van het ESH voor het Nederlandse recht. Ratificatie van het ESH betekende dat Nederland in 1980 een wet moest wijzigen die migrerende werknemers slechter behandelde dan staatsburgers. En in 1988 moest een paspoortinstructie gewijzigd worden met betrekking tot het recht het land te verlaten.

Eind 1997 maakte de regering bekend deel VI van de uit 1964 daterende Europese code inzake sociale zekerheid te hebben opgezegd. Deze betreft uitkeringen en medische zorg bij arbeidsongevallen en beroepsziekten. Nederland had deze code in 1967 geratificeerd. Aanleiding was een uitspraak van de Centrale Raad van Beroep. Deze had bepaald dat het vragen van een eigen bijdrage voor het gebruik van kraamzorg door vrouwen die op medische indicatie in het ziekenhuis bevielen, in strijd was met een conventie van de Internationale Arbeidsorganisatie. Het kabinet vreesde dat het tot de orde geroepen kon worden wegens schending van internationale verdragen en tot het uitkeren van schadeclaims gezien de vele bezwaarschriften. Omdat de IAO-conventie maar eens in de tien jaar opgezegd kon worden en de code van de Raad van Europa per maart 1998, was voor opzegging van de laatste gekozen. In de Kamer noemde de regering het opzeggen een preventieve actie. Zij moest toegeven er niet op bedacht te zijn geweest dat individuen ook een direct beroep op de Europese code kunnen doen. De Kamer verzette zich in februari 1998 met succes tegen het voornemen de code op te zeggen.

In juli 1998 kreeg de regering van het Comité van Onafhankelijke Deskundigen, dat toeziet op de naleving van het ESH, te horen dat de voorgenomen privatisering van de Ziektewet strijdig was met artikel 12.3 van het ESH, omdat daarin een verplichting tot verbetering van het sociale zekerheidsselsel staat. En in oktober 1998 bepaalde de Haagse rechtbank dat de op 1 juli in werking getreden Koppelingswet deels strijdig is met het Europees verdrag betreffende sociale en medische bijstand van de Raad van Europa (uit 1953, door Nederland in 1955 geratificeerd). Een maand later werd de Koppelingswet ook door de Amsterdamse rechtbank strijdig met het verdrag verklaard. Ondanks het feit dat het sociale rechtenregime van de Raad van Europa, waartoe de verschillende genoemde verdragen en het ESH behoren, wat betreft toezichtprocedures beduidend zwakker is dan het mensenrechtenregime van de Raad, moeten regeringen van lidstaten rekening houden met de internationale normen die in internationale verdragen verwoord zijn. Deze normen tellen niet alleen in de parlementaire controle van de regering, maar ook in de rechtspraak die zich op de overeengekomen internationale normen beroept en in de mogelijkheden van individuele burgers om zich op deze normen te beroepen. Eind 1992 ratificeerde Nederland een protocol bij het mensenrechtenverdrag van de Raad van Europa, waardoor individuele burgers, groepen en organisaties de mogelijkheid hebben hun zaak direct aan te brengen bij het Europees Hof voor de Rechten van de Mens in Straatsburg. Dit Hof werd in 1998 grondig herzien en versterkt.

Ook Nederland kreeg met het Europees Hof voor de Rechten van de Mens te maken. In 1994 bekritiseerde dit de Nederlandse rechtspraak en bepaalde dat advocaten in een strafproces hun cliënten ook bij verstek moeten kunnen verdedigen. In 1995 deed het Hof een uitspraak, waarin Nederland niet rechtstreeks genoemd werd maar die wel gevolgen voor Nederland kan hebben. Het Hof bepaalde namelijk dat een comité van de Luxemburgse Raad van State conform artikel 6 van het mensenrechtenverdrag van de Raad van Europa niet kan worden beschouwd als een onafhankelijke en onpartijdige rechter. Deze Raad van State heeft immers zowel adviserende als rechtsprekende taken die volgens het Hof onvoldoende gescheiden zijn. De Nederlandse Raad van State toonde zich geschokt door dit arrest, omdat hij zich realiseerde dat deze dubbelsituatie ook in Nederland bestaat en dat Nederland toetsing door het Europees Hof mogelijk niet zal doorstaan. De Raad van State, die in 1996 verklaarde zijn rechtsprekende taken te willen behouden, publiceerde in januari 2003 in het Nederlands Juristenblad een verweerschrift. Het wachten is intussen op een uitspraak van het Europees Hof voor de Rechten van de Mens. Een groep burgers die jarenlang streed tegen de aanleg van de Betuwelijn, heeft de Nederlandse staat voor het Europees Hof gedaagd. Verwijzend naar het arrest inzake Luxemburg menen zij dat een staatsraad die wetgevingsadviseur is geweest daarna niet een onpartijdig en onafhankelijk rechter kan zijn.