Nederland profileerde zich niet alleen op het terrein van het internationale recht maar ook anderszins, vooral door een actieve internationale bemoeienis van ministers en door pogingen belangrijke internationale posities te verkrijgen. Toen Pronk in 1989 voor de tweede maal minister van Ontwikkelingssamenwerking werd in het derde kabinet-Lubbers, publiceerde hij in 1990 zijn opvattingen in de nota Een wereld van verschil (Bijlage 21.813, Handelingen Tweede Kamer, 1990-1991, nrs. 1-2). Duurzame ontwikkeling en armoedebestrijding bleven de kern van het beleid, zij het dat ontwikkelingslanden nu zelf hun plaats in de globaliserende wereldeconomie moesten verwerven. Ecologische duurzaamheid werd een nieuw accent. Als gevolg van bezuinigingen en nieuwe taken, zoals deelname aan vredesoperaties, hulp aan de voormalige Tweede wereld en opvang van asielzoekers, veranderde “Ontwikkelingssamenwerking” van karakter en verminderde de oorspronkelijke hulp. In 1993 bracht Pronk zijn nota Een wereld in geschil (Bijlage 23.408, Handelingen Tweede Kamer, 1993-1994, nrs. 1-2) uit. Daarin onderstreepte hij de noodzaak van versterking van democratie, rechtsstaat en goed bestuur (“good governance”, een beleidsnadruk van de Wereldbank). Vanwege de hulp die in oorlogsgebieden gegeven moest worden, pleitte Pronk voor meer afstemming van ontwikkelingssamenwerking en defensiebeleid.
De “herijkingsoperatie” van het eerste kabinet-Kok in 1994, waarin Pronk opnieuw minister voor Ontwikkelingssamenwerking werd, gaf hem de gelegenheid zich over een breed terrein van internationale vraagstukken uit te spreken en zich zelfs als “schaduwminister” van Buitenlandse Zaken te presenteren. De herijking was een reactie op het einde van de Koude Oorlog, de toegenomen Europese integratie en de sterk geglobaliseerde en geliberaliseerde wereldeconomie. De regering onderstreepte dat Nederland afhankelijker geworden was van internationale ontwikkelingen dan vroeger en dat die ontwikkelingen meer en anders samenhingen dan de bestaande indelingen tussen en binnen ministeries veronderstelden. Goed functionerende internationale organisaties zijn in dat verband voor Nederland als klein land van belang, omdat zij ordening in de omgeving brengen, de machtsverschillen verkleinen en de mogelijkheid bieden de ontwikkelingen om Nederland heen te beïnvloeden. De nota Herijking van het buitenlands beleid (Bijlage 24.337, Handelingen Tweede Kamer, 1995-1996, nrs. 1-2) kreeg eind 1995 de instemming van het parlement. Zij leidde tot een nauwere samenwerking tussen ambtenaren van Buitenlandse Zaken, Ontwikkelingssamenwerking, Defensie en Economische Zaken en tot een drastische reorganisatie van het ministerie van Buitenlandse Zaken. Naast regionale directies kwamen er nu op Buitenlandse Zaken thema- en forumdirecties. De themadirecties verrichten werkzaamheden op specifieke terreinen als veiligheidsbeleid (DVB), politieke zaken (DPZ), “mensenrechten, goed bestuur en democratisering” (DMD) en “crisisbeheersing en humanitaire hulp” (DCH). De forumdirecties richten zich op multilaterale instellingen. Deze zijn de Directie Verenigde Naties (DVN), de Directie Integratie Europa (DIE) en Directie Multilaterale Ontwikkelingsfinanciering en Macro-economische Aangelegenheden (DMO). Bovendien werden de Nationale Adviesraad voor Ontwikkelingsvraagstukken uit 1964, de Adviescommissie Mensenrechten Buitenlands Beleid en de Adviesraad Vrede en Veiligheid, die in 1986 was ingesteld, in 1997 samengevoegd tot Adviesraad Internationale Vraagstukken.
Opnieuw manifesteerde minister Pronk zich internationaal. Hij bezocht verschillende oorlogsgebieden, waaronder in 1994 en 1995 Rwanda, en was lid van de in 1992 ingestelde Commission on Global Governance die haar rapport in 1995 publiceerde. Toen hij 1998 in het tweede kabinet-Kok minister voor Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieu werd, trad hij in 2000 en 2001 als voorzitter op van de VN-Klimaatsconferentie in Den Haag en Bonn voor verdere uitwerking van de eerder in Kyoto gemaakte afspraken. Zijn opvolgster op Ontwikkelingssamenwerking E. Herfkens, die voordien bij de Wereldbank had gewerkt, zette op Buitenlandse Zaken een beleid van “ontpronking” in. Zij erkende de coördinerende rol van de minister van Buitenlandse Zaken en verminderde het aantal landen dat hulp ontving. Na haar ministerschap werd zij in 2002 bij de VN benoemd tot speciaal gezant voor armoedebestrijding. Hierbij moet zij helpen de in 2000 door de Milleniumtop van de VN geformuleerde doelstellingen over halvering van armoede en terugdringing van honger en ziekte voor 2015 te bereiken.
De poging van de Nederlandse regering om oud-minister van Landbouw G.J.M. Braks in 1993 mee te laten dingen naar de post van secretaris-generaal van de FAO mislukte bij gebrek aan steun. Twee jaar later werd de in 1993 bij het Wereldvoedselprogramma als assistent-directeur-generaal aangestelde Nederlander D. Everts ontslagen wegens onenigheid met de directeur-generaal. In 1998 besliste het Administratieve Hof van de IAO dat de wijze waarop hij op non-actief was geplaatst, onjuist was. In 1997 echter kreeg Nederland een nieuwe post bij de FAO met de benoeming van L. Fresco tot directeur onderzoek. En in 2002 benoemde VN-secretaris-generaal K. Annan R. Rabbinge tot VN-adviseur voor het voedselprobleem in Afrika.
Halverwege de jaren negentig streefde Nederland opnieuw een tijdelijk lidmaatschap van de Veiligheidsraad na. Minister van Buitenlandse Zaken Van Mierlo had zich in 1995 sterk gemaakt voor een snelle interventiemacht van de Veiligheidsraad maar zag zijn voorstel verworpen. In 1997 begon hij een intensieve campagne in een concurrentieslag met Griekenland en Canada voor het verkrijgen van de tijdelijke zetel in de Veiligheidsraad voor 1999 en 2000. Zijn opvolger J.J. van Aartsen zette de campagne met succes voort. Nederland verkreeg in de eerste ronde de benodigde twee derde meerderheid: 122 van de 180 stemmen. De minister benoemde niet de permanente vertegenwoordiger bij de VN, J. Ramaker, die de plaats had binnengehaald, tot vertegenwoordiger van Nederland in de Veiligheidsraad maar de diplomaat A.P. van Walsum. De aandacht die de Nederlandse zetel in de Veiligheidsraad verkreeg, wekte in elk geval in Nederland de indruk dat Nederland van betekenis was op het politieke wereldtoneel. Opnieuw echter waren de marges voor eigen beleid gering.
Zie voor de herinneringen van Van Walsum aan zijn Veiligheidsraadperiode: P. van Walsum, Verder met Nederland. De kritische terugblik van een topdiplomaat, Amsterdam, 2001, hoofdstuk 10.
Eind 1998 werd Nederland voor twee jaar voorzitter van het in 1990 ingestelde Sanctiecomité Irak van de VN. Tegen de achtergrond van het gebruik van gifgas door Irak in zijn oorlog met Iran en tegen de eigen Koerdische bevolking in de jaren tachtig kwam in 1993 binnen de VN een nieuw Chemisch Wapenverdrag tot stand. Dit trad na de nodige ratificaties in 1997 in werking. Den Haag werd de vestigingsplaats van de Organisatie voor het Verbod van Chemische Wapens (Organization for Prohibition of Chemical Weapons, OPCW), die de naleving van dit verdrag controleert. In het kader van het streven Den Haag tot VN-stad te maken wist Nederland met steun van de EU-lidstaten concurrent Wenen voorbij te geraken als plaats van vestiging.
In 2000 streefde Nederland opnieuw de functie van Hoge Commissaris voor de Vluchtelingen van de VN na. Minister J. Pronk was hiervoor beschikbaar maar geheel onverwacht benoemde VN-secretaris-generaal K. Annan oud-premier R.F.M. Lubbers (die in 1994 gepasseerd was als voorzitter van de Europese Commissie en in 1995 als secretaris-generaal van de NAVO). Minister-president W. Kok wist al enige tijd van Annans andere voorkeur maar had minister van Buitenlandse Zaken Van Aartsen hierover niet ingelicht. Dat de secretaris-generaal in deze een doorslaggevende stem heeft, was al in 1985 gebleken, toen M. van der Stoel kandidaat voor deze functie was en een ruime meerderheid van de lidstaten van de VN diens kandidatuur steunde. VN-secretaris-generaal J. Pérez de Cuéllar gaf toen de voorkeur aan een Fransman, mede omdat onvoldoende duidelijk was of de Europese Gemeenschap achter de voordracht van Van der Stoel stond.
Aan de periode van optimistische VN-verwachtingen aan het slot van de 20e eeuw kwam op 11 september 2001 een einde met de vliegtuigaanvallen van al-Qaida op de beide torens van het World Trade Center in New York en op het Pentagon in Washington DC. Deze gebeurtenissen leidden tot verwijdering tussen de VS, geleid door de toch al niet multilateraalgezinde president G.W. Bush, en de VN. De VS slaagde er bovendien niet in overeenstemming te krijgen in de Veiligheidsraad voor een snel militair optreden tegen het dreigende gevaar van Saddam Hoessein die over massavernietigingswapens zou beschikken. Niettemin gingen de VS en Groot-Brittannië met enkele andere landen (de “Coalition of the Willing”) in 2003 tot een aanval op Irak over. Nederland hoorde hier officieel niet maar feitelijk wel toe en stuurde na de militaire overwinning troepen naar het Zuidelijk deel van bezet Irak.