Terwijl zich voor de West-Europese verhoudingen een op de Verenigde Staten van Amerika gerichte Nederlandse oriëntatie aftekende, ontwikkelde zich binnen de VN een harde confrontatie tussen Nederland en de VS. De Indonesiëpolitiek van de Nederlandse regering na het uitroepen van de republiek door Indonesische nationalisten in 1945 werd sterk door binnenlandspolitieke overwegingen bepaald. Nederland hield daarbij weinig rekening met het inmiddels door de VS en de VN voorgestane dekolonisatiestreven. In 1946 moest Nederland zich in de Veiligheidsraad, waarin het een zetel claimde, als koloniale mogendheid verantwoorden. Het beriep zich op bescherming tegen inmenging in binnenlandse aangelegenheden en wenste vergeefs een uitspraak van het Internationaal Gerechtshof over de competentie van de Veiligheidsraad in deze.

Toen de Nederlandse regering de opstand in 1947 onder de naam politionele actie militair ten strijde trok tegen de Republiek, leidde dit tot een van de eerste VN-bemoeienissen met het proces van dekolonisatie. Resolutie 27 van de Veiligheidsraad uit begin augustus 1947 vroeg om een staakt-het-vuren en bepleitte arbitrage als middel om het conflict op te lossen. Drie weken later stelde Resolutie 31 een commissie van drie landen in (België, de VS en Australië) bedoeld om goede diensten te bewijzen. De tweede politionele actie van Nederland in 1948 leidde tot de scherpere Resolutie 67 uit januari 1949. Deze bevatte een gedetailleerde aanbeveling voor oplossing van het conflict en de instelling van de VN-Commissie voor Indonesië (UN Commission for Indonesia, UNCI). Onder druk van de VS accepteerde Nederland uiteindelijk deze resolutie. Eind 1949 werd de soevereiniteit aan Indonesië overgedragen. UNCI zond militaire waarnemers en bleef tot 1951 actief, eerst met toezicht op de beëindiging van lokale gevechtshandelingen en later op de terugkeer van Nederlandse troepen na de soevereiniteitsoverdracht.

Omdat UNCI niet beheerd en uitgevoerd werd door het VN-Secretariaat, is deze operatie, die tot de eerste VN-ervaringen met militaire aanwezigheid behoort, niet opgenomen in de officiële lijst van vredeshandhaving door de VN. Dat Nederland in deze het hoofd voor de internationale druk boog, had te maken met de vorming van de West-Europese veiligheidsalliantie in deze jaren met de door Nederland gewenste veiligheidsgarantie van de VS. Binnen de regering toonde Van Boetzelaar begrip voor het Amerikaanse verlangen af te zien van politionele acties ten gunste van onderhandelingen met de Indonesiërs.

Zie voor de Indonesiëpolitiek:

Zie voorts de documenten betreffende de Nederlands-Indonesische betrekkingen 1945-1950: Officiële bescheiden betreffende de Nederlands-Indonesische betrekkingen 1945-1950, Delen 1-20 (1945-1949), uitgegeven door S.L. van der Wal (deel 1-9; deel 9 tevens P.J. Drooglever en M.J.B. Schouten; delen 10-20 door P.J. Drooglever en M.J.B. Schouten), Den Haag, 1971-1996.