De oorsprong van het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen is te vinden in de onderwijspacificatie van 1918. Voorheen was het een onderdeel van het Ministerie van Binnenlandse Zaken. Met het toenemend belang van de algemene en beroepsvorming voor de maatschappelijke en economische ontwikkeling van Nederland is het belang van dit ministerie niet te onderschatten. Hoewel het eigenlijke ministerie qua personeelsomvang beperkt is (ongeveer 2500 ambtenaren in 1996) is het budget zeer omvangrijk. Die beperkte personele omvang wordt veroorzaakt doordat de uitvoering van onderwijstaken is gedecentraliseerd. Tevens speelt het maatschappelijk middenveld (denk aan de bijzondere scholen) een rol van betekenis in de uitvoering.

Qua structuur bezit het ministerie een bestuursraadmodel. De beleidsvorming ten aanzien van de verschillende onderwijsvormen vindt in de directies plaats: het primair en voortgezet onderwijs, de diverse beroepsopleidingen en het wetenschappelijk onderwijs en onderzoek. Tevens houdt het ministerie toezicht op de kwaliteitsbewaking van het onderwijs. Verschillende inspecties (naar type opleiding) zijn in het leven geroepen. Op afstand van het ministerie staan enige uitvoerende diensten als bijvoorbeeld de Rijksarchiefdienst en de Rijksdienst voor de Monumentenzorg. De universiteiten en academische ziekenhuizen zijn te beschouwen als voorbeelden van instellingen gelieerd aan dit ministerie. In 1994 is het Directoraat-Generaal Cultuur van het voormalige Ministerie van Welzijn, Volksgezondheid en Cultuur naar Onderwijs overgeheveld.