De artikelen 117 en 118 Grondwet bevatten voorts de nodige waarborgen voor de onafhankelijkheid van de rechterlijke macht. Ten aanzien van deze onafhankelijkheid kan men strikt genomen onderscheiden tussen onafhankelijkheid jegens de wetgevende macht en het bestuur enerzijds en onafhankelijkheid ten opzichte van de partijen in het concrete geschil anderzijds. Het streven naar onafhankelijkheid tegenover de wetgevende macht en het bestuur komt tot uitdrukking in de benoeming van de met rechtspraak belaste leden van de rechterlijke macht, alsmede de procureur-generaal bij de Hoge Raad bij koninklijk besluit voor het leven (artikel 117, eerste lid), in het feit dat de leden van de rechterlijke macht slechts kunnen worden geschorst of ontslagen in bij de wet bepaalde gevallen en door een bij de wet aangewezen tot de rechterlijke macht behorend gerecht (derde lid), in het feit dat ook overigens de wet hun rechtspositie regelt (vierde lid) en in de bijzondere benoemingsprocedure voor de leden van de Hoge Raad (artikel 118, eerste lid). Voor de onafhankelijkheid ten opzichte van de partijen in het geschil, ook wel onpartijdigheid genoemd, zijn de diverse wettelijke bepalingen over wraking en verschoning van rechters van belang.
De onafhankelijkheid van rechters wordt in beide betekenissen van het woord genoemd in artikel 6 van het Europees Verdrag voor de Rechten van de Mens en de fundamentele vrijheden, dat de afgelopen jaren in toenemende mate relevant is gebleken voor de Nederlandse rechtspraktijk. Het eerste lid van dit artikel bepaalt dat eenieder, bij het vaststellen van zijn burgerlijke rechten en verplichtingen, alsmede bij het bepalen van de gegrondheid van een tegen hem ingestelde vervolging, recht heeft op een eerlijke en openbare behandeling van zijn zaak. Deze behandeling moet bovendien plaatsvinden binnen een redelijke termijn en door een onafhankelijk en onpartijdig gerecht dat is ingesteld bij wet. Blijkens onder meer de zaak-Benthem kan volgens het Europese Hof voor de Rechten van de Mens (EHRM) te Straatsburg ook een administratiefrechtelijk geschil worden beschouwd als een geschil over „burgerlijke rechten”, indien een dergelijk geschil gevolgen heeft voor een civielrechtelijke rechtsbetrekking (Europese Hof voor de Rechten van de Mens 23 oktober 1985, AB 1986, 1).
Een klassieke behandeling van het thema onafhankelijkheid van de rechter is: J. ter Heide, De onafhankelijkheid van de rechterlijke macht. Een functioneel-analytische beschouwing, Amsterdam/Brussel, 1970.
Voor een recente problematisering, zie: H. Franken, Onafhankelijk en verantwoordelijk. Een paradox in de positie van de rechter? Rede uitgesproken ter gelegenheid van de 422e Dies Natalis van de Rijksuniversiteit te Leiden op vrijdag 7 februari 1997, Deventer, 1997.
Specifiek over het Europees Verdrag voor de Rechten van de Mens gaat: M.I. Veldt, Het EVRM en de onpartijdige strafrechter, Deventer, 1997.
In tegenstelling tot de zittende magistratuur valt het openbaar ministerie onder de politieke verantwoordelijkheid van de Minister van Justitie, die op grond van artikel 5 Wet op de Rechterlijke Organisatie een aanwijzingsbevoegdheid heeft. Een krachtig voorstander van artikel 5 Wet op de Rechterlijke Organisatie was minister C.F. van Maanen (1769-1849). Zie: M.E. Verburg, Geschiedenis van het Ministerie van Justitie, I, 1798-1898, Den Haag, 1994, pp. 129-131, 135-138
Voor een oudere, maar nog altijd actuele, publicatie over dit onderwerp zij verwezen naar: W. Boot, De afhankelijkheid van het Openbaar Ministerie ten opzichte van het instellen der strafvordering, Amsterdam, 1885.
Zie voor de recentelijk weer opgelaaide discussie over artikel 5 Wet op de Rechterlijke Organisatie, waarbij strafrechts- en staatsrechtsgeleerden die de onafhankelijkheid van het openbaar ministerie ten opzichte van de minister van Justitie respectievelijk goedkeuren en afwijzen, tegenover elkaar staan: Themanummer over „Het Openbaar Ministerie en de democratische rechtsstaat”, in: Beleid en Maatschappij, 24 (1997), nr. 3.