Eerder zagen wij hoe reeds in het midden van de achttiende eeuw ideeën werden geopperd tot de vorming van departementen (paragraaf 3). Zo had Willem Bentinck, lid van de Hollandse ridderschap, in 1749 ervoor gepleit om de stadhouderlijke secretarie te splitsen naar vijf departementen: buitenlandse zaken, militaire zaken, financiën, marine en handel, en binnenlandse zaken. In zijn optiek zouden deze departementen bestuurd moeten worden door colleges, voor wie deze functie geen voltijdse betrekking zou zijn, een gebruikelijke keuze in die dagen. Tezelfdertijd stelde de graaf van Gronsfeld, die de belangen van de stadhouder in de Duitse gebieden behartigde, drie departementen voor: buitenlandse zaken, militaire zaken en binnenlandse zaken. Hij meende dat deze departementen onder leiding van een departementschef moesten worden geplaatst die bijgestaan werd door een staf van secretarissen, commiezen en klerken. In tegenstelling tot Bentinck meende Van Gronsfeld dat een departement wel voltijdse functionarissen nodig had, werkend in een hiërarchische structuur onder eenhoofdige leiding. Een en ander zou pas zijn beslag krijgen in de tijd van de Bataafse Republiek.
De vormgeving van de Nederlandse staatsorganisatie was onderwerp van verhitte discussies tijdens de eerste driejaar na de omwenteling van 1795. Het was de wens van de radicalen onder de patriotten een zodemocratisch als mogelijke staatsinrichting te realiseren. Uitgangspunten in hun voorstellen waren collegiaal bestuur, roulatie van ambten en mechanismen voor voortdurende controle op het functioneren van gekozen en benoemde bestuurders. Zo meenden de radicale patriotten dat een door het volk gekozen Wetgevend Lichaam zich diende te verdelen over drie Kamers: één voor de regeling van werkzaamheden en het doen van wetsvoorstellen (Kamer A) en twee voor de bespreking van voorstellen (Kamer B en C). Een wetsvoorstel kon slechts kracht van wet krijgen indien het zowel door Kamer B als C werd gesteund. De leden van deze kamers dienden bovendien maandelijks te rouleren. De Uitvoerende Macht zou moeten worden opgedragen aan commissies (buitenlandse zaken, oorlog, marine, inwendig bestuur, financiën). Bovendien zou een aparte, jaarlijks te vormen, commissie de begroting moeten opstellen. De leden van deze commissies moesten gekozen worden door de bevolking uit nominaties die waren opgesteld door het Wetgevend Lichaam. Wetgevers en bestuurders zouden voor een periode van driejaar moeten worden gekozen. Hun werkzaamheden dienden onder controle te worden gebracht van driejaarlijks door de bevolking gekozen ad-hoc colleges van onderzoek. Deze voorstellen werden als veel te gecompliceerd ervaren, in ieder geval door het Franse Directoire. Uiteindelijk kwam een Staatsregeling tot stand in het voorjaar van 1798 die afgekondigd werd, na volksstemming erover, op 1 mei van dat jaar. De wetgevende macht werd opgedragen aan het Vertegenwoordigend Lichaam dat uit twee kamers bestond. De Eerste Kamer voor ontwerp van en besluitvorming over wetten; de Tweede Kamer voor het al dan niet bekrachtigen van deze wetsvoorstellen. De uitvoerende macht was opgedragen aan het Uitvoerend Bewind. een college van vijf personen met de rang van Directeur. Deze directeuren werden bijgestaan door acht agenten.
Op het moment dat de Staatsregeling in werking trad, waren inmiddels reeds in januari 1798 verschillende agentschappen ingesteld. Uiteindelijk zouden het er acht worden: Buitenlandse Betrekkingen (zaken), Marine, Oorlog, Financiën, Justitie, Inwendige Politie en toezicht op Dijken, Wegen en Wateren (met inbegrip van de”Erediensten”), Nationale Opvoeding en Nationale Oeconomie. Deze kunnen worden beschouwd als de directe voorgangers van de tegenwoordige ministeries van algemeen bestuur. In de loop van de jaren 1801-1806 zouden de verschillende agentschappen aangeduid gaan worden als ministeries. Opmerkelijke wijzigingen deden zich tot 1806 alleen voor ten aanzien van het binnenlands bestuur, toen in 1801 de agentschappen voor inwendige politie en waterstaat, nationale opvoeding en nationale oeconomie werden samengevoegd tot Binnenlandse Zaken. Voorts werd het Comité (later: Raad) van Koloniën in 1806 vervangen door het Ministerie van Koloniën.
In de periode 1806-1811 vinden vrij veel veranderingen in departementale organisatie plaats (zie figuur 3). Zo werden Koloniën (1808) en later Buitenlandse Zaken en Oorlog (18 10) samengevoegd met Marine. Waterstaat werd een afzonderlijke directoraat-generaal (1807) en ministerie (1809) en Openbare Eredienst verzelfstandigde in 1808. Politie werd in 1810 afgesplitst van Justitie, terwijl Justitie werd samengevoegd met Binnenlandse Zaken. De belangrijkste veranderingen evenwel deden zich voor op het terrein van Financiën. Naast dit departement werden achtereenvolgens ingesteld: de Organisatie van het Binnenlandse Postwezen (1806), het directoraat-generaal Politieke Schatkist (1807: onder een intendant-generaal weer samengevoegd met Financiën in 18 10), de directie der Politieke Domeinen (1809), de Directie Douane (1809), een rekwestmeester-directeur Centrale Kas (18 10), de Raad van Liquidatie (1807: later: Amortisatiekas). Alle uitvoerende organen werden in 1810-1811 ingedeeld bij een van de Franse ministeries en onder direct toezicht van een Franse minister geplaatst.
