De schok van oorlog en bezetting bracht (naar een uitdrukking van A.J. Rasker, De Nederlandse Hervormde Kerk vanaf 1795, Kampen, 1974 p. 281) „het agressieve heidendom, al dan niet gehuld in het gewaad van „positives Christentum”, opeens vlak voor de deur, zelfs binnenshuis”. Enkelingen zoals de secretaris van de Algemene Synodale Commissie der Nederlandse Hervormde Kerk dr. K.H.E. Gravemeyer doorbraken al direct in de eerste weken na de traumatische meidagen de stilte met een opbeurend woord dat op recht en plicht wees. K. Schilder riep in De Reformatie de lezers toe: „den schuilkelder uit, de uniform aan”. Gedurende de vijf bezettingsjaren hebben de kerken een belangrijke nationale rol vervuld. In prediking en gebed, via officiële verklaringen en kanselboodschappen, in geschriften van velerlei aard hebben zij troost en bemoediging geschonken, de geestelijke weerbaarheid versterkt en aangespoord tot verzet tegen de nazigeest. Kerkgebouwen en pastorieën waren schuilplaatsen voor onderduikers en illegalen.

Het verzet tegen de bezetter bracht ook de kerkelijke organisaties nader tot elkaar. Op initiatief van het bestuur der Nederlandse Hervormde Kerk kwam op 25 juni 1940 een Convent van Kerken tot stand waarin vertegenwoordigers van de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken, Christelijke Gereformeerde Kerk, Hersteld Evangelisch Lutherse Kerk, Remonstrantse Broederschap en Algemene Doopsgezinde Sociëteit beraadslaagden over gezamenlijk in te nemen standpunten. Het Convent (sinds 1942 Interkerkelijk Overleg, IKO, geheten) werkte sinds eind 1941 nauw samen met het Nederlandse R.K. episcopaat onder leiding van aartsbisschop dr. J. de Jong. Het eerste gezamenlijk optreden der kerken betrof (oktober 1940) een protest bij rijkscommissaris dr. Seyss Inquart tegen de uitsluiting van personen van joodse afkomst; het werd in de meeste kerken per kanselboodschap bekend gemaakt. Verdere protesten tegen de uitschakeling der Joden en de „gelijkschakeling” van de christelijke organisaties op het terrein van de kerkelijke barmhartigheid, pers, vakbeweging en onderwijs volgden. Kanselboodschappen, zoals op 19 april 1942, spraken indringend „over de rechteloosheid, de onbarmhartigheid tegenover het joodsche volksdeel en het opdringen van een, recht tegen het Evangelie ingaande, nationaal-socialistische levens- en wereldbeschouwing”. Synodale herderlijke schrijvens maar ook uit particuliere kringen voortgekomen getuigenissen zoals de Amersfoortse Thesen en de Doornse stellingen vormden binnen de Nederlandse Hervormde Kerk actuele formuleringen van geloofsbelijden.

De door de oorlog gestimuleerde gevoelens van saamhorigheid en geestelijke verdieping versterkten ook het proces van kerkelijke reorganisatie. In augustus 1940 stelde de Hervormde Synode een commissie van kerkelijk overleg in die onder leiding van de zendingsman dr. H. Kraemer (1888-1965) naar doorbreking van het isolement der richtingen streefde en een proces van gemeenteopbouw bevorderde „in gehoorzaamheid aan de Heilige Schrift, staande op den bodem der belijdenisgeschriften”. Een commissie onder voorzitterschap van prof. mr. Paul Scholten ontwierp intussen beginselen voor een kerkorde (de zogenaamde Werkorde) die in 1944 werden aanvaard. De eerste naoorlogse generale synode die 31 oktober 1945 bijeenkwam, was in overeenstemming daarmee ingericht. Zij gaf een commissie opdracht tot samenstelling van een kerkorde, die twee jaar later gereed was en na brede bespreking eind 1950 werd aangenomen en 1 mei 1951 in werking trad. De Kerkorde-1951 verving de negentiende-eeuwse bestuursinrichting door een ambtelijk-presbyteriale. Zij kende een driedeling van ambten: ouderling, predikant en diaken; de kerkvoogd werd een ouderling met beheerstaak. De generale synode, samengesteld uit afgevaardigden van de classes en een aantal adviseurs, kreeg tot taak leiding te geven aan de kerk en het kerkelijk getuigenis tot de samenleving te doen uitgaan, onder andere door herderlijke brieven, getuigenissen, rapporten en liturgische formulieren.

Kenmerkend voor de Kerkorde-1951 is de klemtoon die op het apostolaat werd gelegd en de omschrijving van het kerkelijk belijden „in dankbare gehoorzaamheid aan de Heilige Schrift … in gemeenschap met de belijdenis der vaderen”. Het was een formulering afkomstig uit Fundamenten en perspectieven van belijden, door een commissie uit alle richtingen in 1949 gepubliceerd. De kerkorde bevestigde de praktijk van organen van bijstand en vrijgestelde secretarissen voor diverse terreinen en taken die bijzondere specialismen vereisen (Raad voor kerk en samenleving, voor kerk en school, kerk en theologie, kerk en gezin, kerk en Israel, etcetera). Zending en diaconaat werden als voluit kerkelijke taken erkend, maar voor het overige werd christelijke organisatie niet als vanzelfsprekend beschouwd. Het synodaal geschrift Christenzijn in de Nederlandse samenleving (1955), geschreven in reactie op het mandement der RK bisschoppen van 1954, was een principiële verdediging van de „doorbraak” die sinds 1945 verscheidene Hervormden voor het lidmaatschap van niet-christelijke politieke en maatschappelijke organisaties, als ook voor het openbaar onderwijs had doen kiezen.

Als gevolg van de contacten in de oorlogsjaren en van de toegenomen oecumenische gezindheid werd na de bevrijding een begin gemaakt met interkerkelijke samenwerking. De Waalse kerk werd als 54e classis feitelijk ingelijfd bij de Nederlandse Hervormde Kerk. De Gereformeerde Kerken in Hersteld Verband verenigden zich in 1946 met de Nederlandse Hervormde Kerk. De twee Lutherse kerkgenootschappen gingen in 1952 als Evangelisch Lutherse kerk samen; deze kwam in 1956 tot consensus met de Nederlandse Hervormde Kerk, wat Hervormd gastlidmaatschap inhoudt voor Lutheranen.

Literatuur over het kerkelijk verzet:

Literatuur over de vernieuwingsbeweging in de Nederlandse Hervormde Kerk: