In het licht van de bovengenoemde tekortkomingen nam de politieke belangstelling voor de administratieve organisatie toe. Deze belangstelling mondde op 10 juni 1985 uit in een Uitgebreide Commissievergadering (een vergadering tussen de Commissie voor de Rijksuitgaven van de Tweede Kamer en de betrokken kabinetsleden) over de bevindingen van de AR over 1984. Op basis van de bevindingen van de AR wees de Commissie voor de Rijksuitgaven de minister van Financiën op de (soms zelfs uiterst) gebrekkige administratieve organisatie en interne controle op een aantal departementen. In deze tekortkomingen kon in de ogen van het parlement niet langer worden berust omdat een garantie voor een rechtmatige en doelmatige besteding van door het parlement goedgekeurde begrotingsgelden in deze situatie niet te geven was. Op basis van deze kritiek is binnen de rijksoverheid een operatie ingezet, de zogenaamde operatie Comptabel Bestel. Deze operatie heeft de afgelopen jaren zijn beslag gekregen en kende vier hoofddoelstellingen:

De operatie Comptabel Bestel is inmiddels afgerond. In ongeveer zeven jaar zijn het financieel beheer en de informatievoorziening op een hoger plan getild: er zijn deugdelijke administraties opgezet bij de departementen, de administratieve organisatieregels en -procedures zijn beschreven en worden onderhouden, de begrotingen zijn inzichtelijker, met de vierde wijziging van de Comptabiliteitswet zijn ook de verplichtingen in beeld gebracht, de achterstanden in de verantwoording zijn ingehaald (nu wordt elk begrotingsjaar definitief afgerond op de eerste Prinsjesdag na afloop van het begrotingsjaar met de indiening van de slotwet, departementale rekeningen en AR-rapporten), de directies FEZ zijn versterkt en hebben een roluitbreiding van “boekhouder” naar “concerncontroller” gehad, de accountantsdiensten zijn versterkt en de meeste departementen verkrijgen nu jaarlijks een goedkeurende accountantsverklaring.