Artikel 10 van de Waterschapswet bepaalt dat het bestuur van een waterschap bestaat uit een algemeen bestuur, een dagelijks bestuur en een voorzitter. Dit artikel laat de mogelijkheid open de historische benamingen voor de verschillende bestuursorganen te handhaven.
De organisatie van het waterschap kent voorts een onderverdeling in een technische en administratieve dienst. Deze staan respectievelijk onder leiding van een hoofd technische dienst (HTD) en een secretaris(-rentmeester).
De drie bestuursorganen zijn vergelijkbaar met die van gemeente of provincie. De waterschapsvoorzitter wordt ook wel aangeduid met dijkgraaf of watergraaf. Het is de titel die vanouds toekwam aan de ambtenaar die het grafelijk gezag in het waterschap vertegenwoordigde en wiens positie vergelijkbaar is met die van de ambtenaar van het openbaar ministerie. Als zodanig trad hij op bij de rechtspraak van de heemraden over overtredingen van de keur en verzuim in het nakomen van onderhoudsplichten. De naam is gebleven ondanks de verandering van de functie van de voorzitter. De rol van de voorzitter is te vergelijken met die van de Commissaris der Koningin en de Burgemeester. De voorzitter bevordert een goede behartiging van de taken van het waterschap en geeft leiding aan de vergaderingen van het algemeen bestuur en het dagelijks bestuur. Voorts vertegenwoordigt hij het waterschap in en buiten rechte en tekent, samen met de secretaris, de stukken die uitgaan van het algemeen of dagelijks bestuur. De voorzitter maakt sinds de Waterschapswet geen deel meer uit van het algemeen bestuur. Dit komt voort uit de opvatting dat de voorzitter een onafhankelijke positie moet hebben zowel ten opzichte van het bestuur van het waterschap als ten opzichte van andere overheden. Hij moet voor het door hem gevoerde bestuur verantwoording afleggen aan het algemeen bestuur. Alle voorzitters van waterschappen worden benoemd door de Kroon.
Een andere naam voor het dagelijks bestuur kan zijn: college van dijkgraaf en heemraden, college van gezworenen of dijkstoel. Voor het algemeen bestuur hoort men ook wel de benaming Verenigde Vergadering. Veel benamingen zijn historisch gegroeid en verschillen per streek. Het waterschap wijkt hierin af van provincie en gemeenten die vaste benamingen hebben. Evenals voor het algemeen bestuur is voor het dagelijks bestuur de zittingsduur vier jaar en treden de leden, met uitzondering van de voorzitter, tegelijk af.
Het algemeen bestuur is samengesteld uit vertegenwoordigers van categorieën van belanghebbenden bij de uitoefening van waterschapstaken. Het dagelijks bestuur bestaat uit de voorzitter en andere door het algemeen bestuur te bepalen leden.
Het bestuur is bevoegd tot regeling en bestuur ter behartiging van de taken die het waterschap in het reglement zijn opgedragen. Regeling en bestuur kunnen van het bestuur worden gevorderd bij wet, Algemene Maatregel van Bestuur (AMvB) of bij provinciale verordening. Daarnaast kan sprake zijn van opdracht tot uitvoering in medebewind, zolang het de algemene doelstelling “waterstaatkundige verzorging van een bepaald gebied” betreft. De gedecentraliseerde eenheidsstaat en de verticale relatie waarin het waterschap tot provincie en Rijk staat, bepalen niet alleen de figuur van het toezicht, maar ook de wijze waarop deze overheden invulling geven aan hun taken in praktische zin. Vooral nu veel beleid wordt vastgelegd via planstelsels, die zowel horizontaal als verticaal afstemming behoeven, moet worden voorzien in de behoefte aan overleg en wederzijds informeren. Ten aanzien van onderwerpen waarin door een wet, AMvB of een provinciale verordening is voorzien, is het bestuur bevoegd tot het maken van verordeningen, mits zij niet in strijd zijn met die hogere regelingen. Een gemeentelijke verordening geldt als een regeling van gelijke rang met een waterschapsverordening. Over het algemeen is de uitvoering en handhaving van wetten en verordeningen, waaronder ook de keuren (politieverordeningen) van het waterschap, aan het dagelijks bestuur opgedragen. Een belangrijk onderdeel daarvan is verlening van vergunningen of ontheffingen.
Het bestuur wordt in haar taak bijgestaan door een ambtelijk apparaat. De belangrijkste daarvan is in de regel de secretaris of secretaris-rentmeester. Hij heeft een belangrijke schakelfunctie tussen het bestuurlijk en ambtelijk deel van de organisatie en als adviseur van de voorzitter, het algemeen bestuur en het dagelijks bestuur.