De Amerikanen beschikten over zware drukmiddelen. Zo konden zij dreigen met stopzetting van de Marshall-hulp (welke voor het herstel van de Nederlandse economie van levensbetekenis was), alsmede met het niet verschaffen van militaire uitrusting aan de Nederlandse strijdkrachten die zich moesten voorbereiden op hun bijdrage aan het te vormen Atlantische Bondgenootschap. Aangezien Nederland en economisch en militair zo sterk van de VS afhankelijk was, moest de Nederlandse regering ondanks de boosheid die de Amerikaanse opstelling in de Nederlandse samenleving verwekte, wel toegeven aan de druk van Washington. Een commissie uit de Verenigde Naties bereidde de weg naar nieuwe onderhandelingen voor. Na overleg tussen de Nederlandse diplomaat J.H. van Royen en de Indonesische vertegenwoordiger M. Roem werd overeenstemming bereikt over een staken van de voortgaande guerrilla op Java en een gezamenlijk handhaven van de orde daarna. Daarmee kon eindelijk zicht worden verkregen op een oplossing van het Nederlands-Indonesisch conflict.
In augustus 1949 kon in Den Haag de Ronde-Tafel-Conferentie beginnen, waaraan behalve door Nederland (onder verantwoordelijkheid van minister-president dr.W. Drees) en de Republiek ook de deelstaten (als Bijzonder-Federaal-Overleg) en de commissie van de VN deelnamen. Op 29 december 1949 droeg Nederland in het Koninklijk Paleis te Amsterdam op plechtige wijze de soevereiniteit over Oost-Indië (Nieuw-Guinea niet inbegrepen) over aan de Republiek Indonesië. Er kwam een Nederlands-lndonesische Unie met de Nederlandse koning symbolisch aan het hoofd; door een “Hoge Commissaris” zouden het Indonesische en het Nederlandse deel der Unie bij elkaar zijn vertegenwoordigd. Van de gemaakte afspraken kwam in werkelijkheid maar bitter weinig terecht. Wat zijn interne staatkundige verhoudingen betreft ging het bewind in Indonesië een centralistische koers varen; dientengevolge moesten de deelstaten al snel hun zelfstandigheid prijsgeven.
De blijvende meningsverschillen tussen Nederland en Indonesië over de status van Nieuw-Guinea waren voor de Indonesische regering aanleiding de Unie met Nederland in 1956 op te zeggen.