Na de Bataafse Omwenteling van 1795 werd in overeenstemming met de denkwereld der Verlichting de bevoorrechte positie van de heersende kerk beëindigd. Niet-Gereformeerden werden in alle openbare functies benoembaar. Op diverse plaatsen eisten Rooms-katholieke meerderheden in vroeger eeuwen geprotestantiseerde kerkgebouwen terug. Het openbaar onderwijs werd gedeconfessionaliseerd en van kerkelijke functionarissen werd een eed van trouw aan de nieuwe staatkundige beginselen gevergd. Op lokaal niveau voltrok zich een proces van scheiding van publieke en kerkelijke bezittingen en functies: kerktorens en armenhuizen werden publiek eigendom en schoolmeesters, doodgravers en klokluiders werden overheidsambtenaren zonder meer. Soms werden alle manslidmaten betrokken in de verkiezing van nieuwe kerkenraadsleden, voorheen op veel plaatsen het voorrecht van (zittende en oud-)kerkenraadsleden. Bij decreet van de Nationale Vergadering van 5 augustus 1796 werd vervolgens de scheiding van kerk en staat formeel geproclameerd. Dit decreet bepaalde ook dat de betaling van predikantstractementen en het onderhoud der kerkgebouwen, totdat een nadere regeling getroffen zou zijn, voorlopig op de oude voet zou geschieden.

De Constitutie van 1798 schreef die nadere regeling voor in de vorm van beëindiging van de financiële verhouding tussen de Gereformeerde kerk en de staat met ingang van 1801. Tevens werden „alle geestelijke goederen en fondsen, waaruit tevoren de tractementen of pensioenen” van de gereformeerde predikanten betaald waren, genationaliseerd. Ook kregen de plaatselijke overheden opdracht tot verdeling van de kerkgebouwen onder de plaatselijke kerkgenootschappen. Zo ver kwam het echter bijna nergens. De Staatsregeling van 1801 (artikel 13) kwam erop terug en bepaalde: „ieder kerkgenootschap blijft onherroepelijk in het bezit van hetgeen met den aanvang dezer Eeuw door hetzelve wierd bezeten”. Bij decreet van 2 augustus 1808 zegde koning Lodewijk Napoleon voorts betaling uit de schatkist toe aan „de geestelijken van die gezindheden, welker eeredienst tot nog toe ten koste van den staat niet werd onderhouden”. Deze bepalingen werden in de grondwetten van 1814 en 1815 overgenomen. Ook de in 1798 vastgelegde scheiding van kerk en staat en dus de gelijke benoembaarheid van ieder staatsburger ongeacht godsdienstige gezindheid, en de vrijheid van godsdienstoefening bleef in de daaropvolgende staatsregelingen en grondwetten (1801, 1805, 1806, 1810, 1814, 1815) vermeld. Zie: