De Republiek herbergde een groot aantal godsdienstige denkers, bewegingen en sekten, „stiefkinderen van het christendom”. Zij waren dikwijls van buitenlandse afkomst en profiteerden van de relatief grote sociale en intellectuele vrijheid in de Republiek. Descartes en Spinoza zijn bekende voorbeelden. Hun denkbeelden vonden zowel bestrijding als navolging, bij individuen en kleine groepjes aanhangers. Een ander voorbeeld was de Fransman Jean de Labadie (1610-1674), een voormalig rooms-katholiek geestelijke die in 1666 Waals predikant in Middelburg werd. Hij kwam echter met de kerk in conflict omdat hij een zuivere gemeente van ware gelovigen alleen wilde, geleid door het inwendig licht van de Geest. Hij werd uit zijn ambt gezet. Zijn volgelingen (onder wie de geleerde Anna Maria van Schurman) vonden na zijn dood een toevluchtsoord in het Friese Wiewerd.
Omstreeks 1735 arriveerden uit Duitsland enkele leden van de Unitas Fratrum, volgelingen van de Graaf von Zinzendorf. Zij vestigden zich eerst op ’s-Heerendijk bij IJsselstein, in 1746 werd Zeist hun centrum. De Herrnhutters kennen bisschoppen en oudsten, alsook een synode. Ze stellen de Gekruisigde en opgestane Jezus in prediking en lied centraal. De Broedergemeente is sterk missionair; dankzij sympathie onder de Amsterdamse kooplieden kreeg zij reeds in 1735 toestemming in Suriname zending te drijven. Zie over deze groepen:
- J. Exalto, J-K. Karels, Waakzame wachters en kleine vossen. Gereformeerden en hernhutters in de Nederlanden, 1734-1754, Heerenveen, 2001
- M.R. Wielema, Ketters en verlichters. De invloed van het spino-zisme op de Verlichting in gereformeerd Nederland, Amsterdam, 1999
- A. de Groot, P. Peucker (red.), De Zeister broedergemeente 1746-1996. Bijdragen tot de geschiedenis van de Hernhutters in Nederland, Zutphen, 1996
- Mirjam de Baar e.a. (red.), Anna Maria van Schurman (1607-1678). Een uitzonderlijke geleerde vrouw, Zutphen, 1992
- P.M. Peucker, ’s Heerendijk. Herrnhutters in IJsselstein, 1736- 1770, Zutphen, 1991
- T.J. Saxby, The Quest for the New Jerusalem. J. de Labadie and the Labadists, Dordrecht, 1987
- J.M. van der Linde, Het visioen van Hernhut en het apostolaat der Moravische broeders in Suriname, Paramaribo, 1956
- W. Lutjeharms, Het philadelphisch-oecumenisch streven der Hern-hutters in de Nederlanden in de achttiende eeuw, Zeist, 1935
- J. Lindeboom, Stiefkinderen van het Christendom, ’s-Gravenhage, 1929.