In de tweede helft van de dertiende eeuw komt er naast het waterschap bestaande uit een samenwerkingsverband van buurschappen een ander soort waterschap op: de polder. De opkomst hiervan hangt samen met landaanwinning door indijkingen langs zee of rivier en met de verbeteringen op het gebied van ontwatering. Dergelijke polders konden in toenemende mate ontstaan, toen in het begin van de vijftiende eeuw in Holland het uitmalen van water door middel van windmolens was uitgevonden. Deze polders ontstonden door de drooglegging van grote natuurlijke plassen als de Schermer en Purmer, maar ook door het droogleggen van veenplassen ontstaan door de turfwinning voor de verwarming in de steden. Deze molens maakten het voor het eerst mogelijk om het water weg te malen uit laaggelegen terreinen, indien de gebieden die door een dergelijke molen werden gemalen door kaden en dammen in een gesloten circuit waren gebracht. De molen heeft het ontstaan van nieuwe waterschappen sterk gestimuleerd.

Bestuur

Behoudens kleine inpolderingen op het niveau van het buurschap, werden er voor polders aparte publiekrechtelijk rechtspersonen ingesteld. Het polderbestuur werd gevormd door polder- of molenmeesters, die keurden en schouwden met de schout van de betrokken buurschappen. Hun werkkring is te vergelijken met die van de heemraden. Bij de vestiging van de polders door dorpsbesturen behielden de laatsten het gezag en benoemden de poldermeesters. Ging de stichting van de eigenaars uit, dan kozen de ingelanden hun bestuurders. In tegenstelling tot de streekwaterschappen zijn polders geen samenwerkingsverband van buurschappen maar een verbond van ingelanden. In de buurschappen had men stemrecht op basis van een minimum aan grondbezit; in de polders hadden alle grondbezitters een stem.