Het rechtmatigheidsonderzoek van de Rekenkamer is gericht op:

Deze drie onderdelen worden ieder jaar gecontroleerd en hierover wordt jaarlijks (uiterlijk 1 september) gerapporteerd aan de Tweede Kamer. Het doel van deze operatie is de goedkeuring van de Rijksrekening, die bestaat uit de door de ministeries opgestelde rekeningen van de begrotingshoofdstukken waarin een overzicht gegeven wordt van de in een bepaald jaar geraamde en gerealiseerde uitgaven, ontvangsten en verplichtingen. De goedkeuring houdt zoveel in als dat de Rekenkamer „redelijke zekerheid” heeft over het feit dat de uitgaven en ontvangsten voldoen aan de eisen van rechtmatigheid en volledigheid. Deze zekerheid krijgt de Rekenkamer door onderzoek te doen naar het financiële beheer en de financiële verantwoording van departementen, fondsen en staatsbedrijven. De Rekenkamer controleert niet alle individuele posten op de begroting. Dit is alleen al vanwege de personele omvang van de Rekenkamer niet mogelijk. Daarom maakt de Rekenkamer overwegend gebruik van een systeemgerichte controle. Het onderzoek naar het financieel beheer is daarvan een voorbeeld. Dit houdt in dat de Rekenkamer toetst of opzet en werking van de beheerssystemen die aan de uitgaven en ontvangsten ten grondslag liggen, zoals de administratieve organisatie en interne controle, ordelijk en controleerbaar zijn.

Bij de controlewerkzaamheden maakt de Rekenkamer zoveel mogelijk gebruik van de resultaten van het werk van de departementale accountantsdiensten. Om die resultaten te kunnen gebruiken, moet de Rekenkamer zich er eerst wel van overtuigen dat de accountantsdiensten deugdelijk werk hebben opgeleverd. Om dit vast te kunnen stellen voert de Rekenkamer een review van de werkzaamheden van de accountantsdiensten uit.

De Rekenkamer kan de rijksrekening alleen goedkeuren, de wet laat een afkeurende verklaring niet toe. Wanneer de Rekenkamer vindt dat tekortkomingen een goedkeuring in de weg staan, dan kan zij bezwaar maken tegen deze tekortkomingen. Deze bezwaren worden gepubliceerd in de verslagen en de minister dient ervoor te zorgen dat de tekortkomingen worden opgeheven. Op het moment dat de Rekenkamer maximaal drie jaren voor dezelfde tekortkomingen bezwaar heeft gemaakt en de desbetreffende minister de tekortkomingen nog steeds niet heeft opgeheven, moet de minister binnen twee maanden aan de Tweede Kamer een voorstel van wet tot opheffing van het bezwaar (de zogenaamde „indemniteitswet”) zenden. Deze wet zorgt ervoor dat niet-rechtmatige uitgaven/ontvangsten via een wettelijke procedure achteraf alsnog rechtmatig worden verklaard. Hierdoor wordt een beletsel weggenomen voor de goedkeuring van de rekening.

Naast het belang van de goedkeurende verklaring, heeft het rechtmatigheidsonderzoek nog twee belangrijke functies: