De overgang van Volkenbond naar Verenigde Naties, die zich tijdens de Tweede Wereldoorlog voltrok, verliep voor Nederland niet eenvoudig. De Nederlandse neutraliteit had in mei 1940 niet verhinderd dat Duitsland Nederland binnenviel. Van Kleffens vertrok direct naar Londen om de Britse regering om hulp te vragen. Het duurde lang voordat de Nederlandse regering in ballingschap doordrongen raakte van de betekenis van samenwerking met de geallieerden. Gepolst over het Atlantisch Handvest in 1941 waarschuwde Van Kleffens dat Nederland geen verplichtingen kon aangaan die zijn vrijhandel beletten. Vanwege Indonesië maakte Nederland deel uit van de Pacific War Council, maar in deze door de VS en Groot-Brittannië gedomineerde oorlogsraad voor het gebied van de Grote Oceaan oefende Nederland geen werkelijke invloed uit. Pas door de Japanse bezetting van Indonesië in maart 1942 begon door te dringen dat de positie van Nederland in de wereld gering was. De sociaal-democratische minister J.W. Albarda doorzag in 1941 bovendien dat Nederland zich met zijn niet-erkenning van de Sovjet-Unie isoleerde, maar het duurde tot de zomer van 1942 voordat de ministerraad en koningin Wilhelmina akkoord gingen met volledige diplomatieke betrekkingen met de Sovjet-Unie. Het duurde ook enige tijd voordat de regering er achter kwam dat haar streven om de naoorlogse hulpverlening zelf ter hand te nemen irreëel was. De plannen uit 1943 voor een gezamenlijke instantie voor noodhulp en herstel, de United Nations Relief and Rehabilitation Administration (UNRRA), konden in Van Kleffens’ ogen weinig genade vinden, omdat de grote mogendheden daarin de leiding hadden. Dit strookte niet met het beginsel van gelijkheid van soevereine staten en kon leiden tot verwaarlozing van de belangen van kleinere staten.

Ondanks zijn bezwaren tegen de te sterke rol van de grote mogendheden, begreep Van Kleffens niettemin dat de VS na de oorlog de rol van wereldleider op zich zou nemen met in zijn kielzog Groot-Brittannië. In een nota uit mei 1942 over de naoorlogse veiligheid van Nederland bepleitte hij regionale aaneensluitingen met permanente steun van de VS. De veiligheid van kleinere landen kon alleen nog gegarandeerd worden door een vijftal regionale allianties in de wereld, waaronder een Atlantische tussen Noord-Amerika en Europa. Daarbij moesten de VS en Groot-Brittannië als grote mogendheden bescherming bieden. De Atlantische oriëntatie van Van Kleffens zou niet stroken met de voorkeur van de vier grote mogendheden (ook China en de Sovjet-Unie) voor een mondiaal veiligheidsstelsel in de vorm van de Verenigde Naties. Maar zij kreeg de steun van de overige ministers en uiteindelijk ook de koningin. Daarbij telde de veronderstelling mee dat Nederland vanwege Indonesië en zijn onmiddellijke belangen lid van meerdere allianties zou kunnen worden en daarmee een middelgrote mogendheid kon blijven. Vanaf de zomer van 1943 begon zich binnen de wat samenstelling betreft inmiddels enigszins gewijzigde Nederlandse regering naast de militaire “Atlantische” oriëntatie een economische “Europese” oriëntatie af te tekenen. Deze uitte zich in twee Benelux-overeenkomsten tussen de regeringen van België, Nederland en Luxemburg. In oktober 1943 sloten deze een overeenkomst over een toekomstig vrij valutaverkeer tussen de drie landen en in september 1944 een verdrag over de vorming van een douane-unie. De toenadering van België en Nederland is te verklaren uit de gemeenschappelijke oorlogservaringen en ballingschap in Londen. Bovendien kenden de ministers van Financiën die de samenwerking entameerden (voor Nederland J. van den Broek), elkaar uit de in 1921 in Londen gevormde Internationale Tinraad. Deze raad had tot taak overbodige prijsschommelingen op de tinmarkt tegen te gaan met behulp van buffervoorraden.

Bij alle reserves groeide Nederland naar verschillende vormen van multilaterale samenwerking toe. De in 1939 minister van Sociale Zaken geworden J. van den Tempel kon tijdens de ballingschap van de regering in Londen weinig uitrichten. Hij besteedde veel aandacht aan de Internationale Arbeidsorganisatie, die als gevolg van de oorlog naar Canada was uitgeweken. Hij werd lid van de Raad van Beheer en nam als regeringsgedelegeerde deel aan de IAO-conferentie in de herfst van 1941 in New York. Hiervoor had hij met de Belgische oud-minister P. van Zeeland een ontwerpresolutie over de toekomstige taken van de IAO opgesteld, waarbij werkgelegenheid centraal stond. Hij ondersteunde de drang tot fundamentele maatschappelijke vernieuwing die in de IAO voelbaar was, gericht op werkgelegenheid, bestaanszekerheid voor elke burger en sociale democratie op economisch terrein. Op de Internationale Arbeidsconferentie in april en mei 1944 in Philadelphia in de VS sprak hij zich uit voor nauwe internationale samenwerking als voorwaarde voor het scheppen van voldoende arbeidsplaatsen en bepleitte hij conjunctuurbeheersing door internationale samenwerking van het bedrijfsleven.

Ook aan de in juli 1944 in de VS gehouden conferentie in Bretton Woods nam Nederland actief deel. Hier werd in debatten tussen de Engelsman J.M. Keynes en de Amerikaan H.D.White de oprichting voorbereid van het Internationaal Monetair Fonds (IMF, International Monetary Fund) en de Internationale Bank voor Wederopbouw en Ontwikkeling (International Bank for Reconstruction and Development, IBRD, ook Wereldbank genoemd). De Nederlandse delegatie stond onder leiding van J.W. Beyen, die in 1943 een rol had gespeeld bij de totstandkoming van het monetaire verdrag tussen België, Nederland en Luxemburg. Tussen 1935 en 1940 was Beyen vice-voorzitter en voorzitter van de in Bazel gevestigde Bank voor Internationale Betalingen (BIB) geweest. Deze was in 1930 in verband met de afhandeling van de Duitse herstelbetalingen opgericht en zou als bank van de centrale banken gaan fungeren. In Bretton Woods bepleitte Beyen een regionale oriëntatie bij de economische en monetaire wederopbouw na de oorlog, maar gezien de Amerikaanse voorkeur voor een mondiale regeling maakte zijn voorstel geen kans. Wel legde Beyen contacten waardoor hij eind 1944 in New York en Zwitserland kon onderhandelen over naoorlogse leningen aan Nederland.

In januari 1945 reageerde Van Kleffens op de in oktober 1944 bekend geworden Dumbarton Oaks-plannen voor de United Nations Organization (UNO). Zijn aan de overige kandidaat-lidstaten toegezonden nota Suggestions benadrukte de betekenis van het internationale recht en maakte bezwaar tegen de te sterke machtspositie van de grote mogendheden die in de Veiligheidsraad een vetorecht kregen. Voor Nederland als middelgrote mogendheid bepleitte hij een speciale, van kleine staten te onderscheiden status. Toetreding tot de VN was voor hem niet vanzelfsprekend, maar de Nederlandse ambassadeur in Washington A. Loudon achtte het verstandiger een vinger aan de pols te houden.

Zie voor het Nederlandse beleid tijdens de oorlog:

Zie voorts de documenten betreffende de buitenlandse politiek van Nederland 1940-1945: Documenten betreffende de buitenlandse politiek van Nederland 1919-1945. Periode C 1940-1945. Delen 1-6 (1940-1943), bewerkt door A.E. Kersten en A.F. Manning (deel 6 door M. van Faasen en A.E. Kersten), Den Haag, 1976-1996.