Onder minister van Boetzelaer van Oosterhout was een begin gemaakt met een noodzakelijke reorganisatie. Onder zijn opvolger, mr. D.U. Stikker, minister van Buitenlandse Zaken van 1948 tot 1952, zou dit nog verder gaan. Nederland had na de oorlog de zelfstandigheidspolitiek verlaten en was op steeds meer terreinen stelling gaan nemen in de internationale politiek. Dit kwam tot uiting in lidmaatschappen van internationale organisaties als de Verenigde Naties en de NAVO. Tevens werden het overleg in Benelux-verband en de Europese samenwerking in toenemende mate belangrijk. De taak van de minister werd verzwaard, doordat hij veelvuldig moest deelnemen aan overleg in het buitenland. Het departement was niet voorbereid op een dergelijke verzwaring van de taken. Ook de taken van de ambtenaren werden zwaarder. Daarnaast groeide het aantal ambtenaren sterk zonder dat de verdeling der taken wijziging onderging.

Op Buitenlandse Zaken werd nu besloten tot een scherpere scheiding van beleids-, adviserende en administratieve functies. Voor het bepalen van het beleid in vraagstukken met een sterk juridisch of technisch karakter werden adviesorganen geschapen. De leidinggevende organen werden uitgebreid. Een tweede uitgangspunt was de regionale indeling van daarvoor in aanmerking komende werkzaamheden, terwijl voor die tijd een functionele indeling in politieke, juridische en economische zaken van toepassing was. Door deze regionale indeling verviel de noodzaak voor de functionele Directie Economische Zaken. Regionale directies voor Europa, Oosten, Afrika en Midden-Oosten, en Westelijk Halfrond werden ingesteld. Voorts kwam er een Directie Internationale Organisaties en een Directie Voorlichting Buitenland die onder de DGPZ ressorteerden.

Alleen de Buitenlandse Dienst, Kabinet en Protocol en Algemene Zaken vielen direct onder de Secretaris-Generaal. De politieke directies vielen onder een Assistent-Secretaris-Generaal Politieke Zaken, die na korte tijd een Directeur-Generaal Politieke Zaken werd.

Verder was er een administratieve groep waar afdelingen van algemeen beheer onder vielen, zoals Personeel en Inwendige Dienst, Verbindingen, Archief en Postbehandeling, Comptabiliteit, en Onderzoek en Documentatie. Dit waren hoofdzakelijk reeds bestaande diensten die onder de Assistent-Secretaris-Generaal Administratieve Zaken vielen. Naast de juridische adviseurs werd ook een Verkeersadviseur aangesteld, die in de plaats kwam van de Directie Verkeer en Grote Rivieren. Voor de Indonesische kwestie werd een directeur-generaal Indonesië aangesteld, een functie die midden jaren vijftig werd opgeheven.

In de loop van 1949 werd deze reorganisatie voorbereid en op 1 januari 1950 werd deze in werking gesteld.

In 1950 werd voor het eerst een staatssecretaris aan het departement verbonden.

Het mandaat voor de BEB, in 1946 opgesteld, had de BEB minder verantwoordelijkheden toegekend dan het had gewild. Met de opkomst van multilaterale onderhandelingen werd het duidelijk dat Buitenlandse Zaken de politieke lijn zou bepalen en de BEB zich uitsluitend zou bemoeien met de materieel-economische aspecten. Dit bleek duidelijk het geval ten aanzien van de Marshall-hulp en de verschillende vormen van de Europese integratie. In het kader van de reorganisatie van het Ministerie van Buitenlandse Zaken werd een nota opgesteld, „een objectief feitelijk overzicht zonder critiek” over het ontstaan van de BEB en de regeling van de verhouding tussen Buitenlandse Zaken en de BEB. De integratie van Europa werd als onvermijdelijk gezien en noodzakelijk voor het afweren van rampen. De BEB zou als gevolg van de vereiste reorganisatie bevoegdheden moeten afstaan. De regeling voor de taakverdeling tussen Buitenlandse en Economische Zaken werd in een Concordaat vastgelegd dat in juli 1950 bij de REA werd ingediend. De BEB mocht zich nu rechtstreeks tot de Chef-de-poste wenden, maar het personeel van Economische Zaken op de posten werd in de Buitenlandse Dienst van Buitenlandse Zaken opgenomen. De eis tot bezuiniging leidde tot inkrimping van het personeel op de posten, waardoor de coördinatie van het politieke en economische werk op kleine en middelgrote posten door één man gedaan moest worden.

De BEB ging meewerken aan de rekrutering en beoordeling van ambtenaren voor de Buitenlandse Dienst en kreeg een vertegenwoordiger in de examencommissies. Benoeming van ambtenaren in een handelspolitieke functie op een post vereiste het akkoord van de Minister van Economische Zaken. Buitenlandse Zaken kon ambtenaren van de Buitenlandse Dienst op Economische Zaken detacheren. Voor het benoemen van ambtenaren van andere ministeries op de posten bleef overigens alleen het akkoord van de Minister van Buitenlandse Zaken noodzakelijk, niet ook dat van de Minister van Economische Zaken zoals de BEB had gehoopt.

Tabel 1. Ambassades, consulaten en permanente vertegenwoordigingen

Bron: Staatsalmanak, Vertegenwoordigingen van Nederland in het buitenland, Rijksbegroting.