Stormvloeden en dijkdoorbraken noopten tot meer dan lokale samenwerking bij dijkbeheer en afwateringszorg. De eerste waterschappen ontstaan dan ook uit spontane samenwerking tussen groepen buurschappen, vermoedelijk in de twaalfde maar zeker in de dertiende eeuw.
Later werden bestaande regionale waterschappen veelal geïncorporeerd in de landsheerlijke organisatie. Nieuwe waterschappen werden voortaan ingesteld door de landsheer. De vorming van dergelijke streekwaterschappen is, behalve door de samenwerking van buurschappen ook gestimuleerd door kloosters die veel land bezaten en zich bezig hielden met ontginning van woeste gronden en de leiding namen bij de strijd tegen het water. Hierdoor kwam het voorzitterschap van een aldus gevormd waterschap vaak toe aan de abt van een klooster. Dit ontstaanspatroon vindt men vooral in Friesland en Groningen en werden zijlvestenijen genoemd.
Naar analogie van de stadsrechtverlening, kregen de regionale waterschappen in het westen van ons land tevens charters die hen een belangrijke mate van autonomie verschaften. Pas in de zestiende eeuw zouden in die streken de betrekkingen tussen stedelijke en waterschapsbesturen nader worden aangehaald, en dan vooral omdat de stedelingen over de middelen beschikten om de inpolderingen (van onder andere de Noord-Hollandse meren) te financieren.
Bestuur
Deze oudste Nederlandse streekwaterschappen, uitsluitend voor publieke waterstaatsdoel-einden geschapen, hebben aanvankelijk veelal onder leiding gestaan van samenwerkende bestuurders van de buurschappen. Tegenwoordig zou een dergelijk samenwerkingsverband staatsrechtelijk aangeduid worden als een gemeenschappelijke regeling. Aanvankelijk bestond dus geen onderscheid tussen algemeen en specifiek bestuur maar nu werd de zorg voor het water afgescheiden van de eerste. Het bestuur van een streekwaterschap bestond uit een voorzitter, die als rechter in de oude zin optrad en uit vertegenwoordigers van ingelanden (bewoners die binnen een dijk of kade land bezaten), die werden aangeduid als heemraden. Zij vormden het bestuur en de rechterlijke macht van het streekwaterschap. De besturen van streekwaterschappen waren bevoegd tot het vaststellen van keuren. Daarnaast hadden zij een bestuurlijke taak zoals het heffen van waterschapslasten en het oproepen van landweerplichtigen voor het dijkleger, indien overstroming dreigde. Eenmaal opgenomen in de landsheerlijke organisatie werden de heemraden onder leiding van de landsheer benoemd. Later werd coöptatie de manier ter vervanging van heemraden. De voorzitter van het streekwaterschap werd onder de landsheer vervangen door een eigen functionaris. Dit was vaak een baljuw, een man die in een regionaal hoger rechtscollege als rechtsvorderaar en executeur van vonnissen optrad, en als zodanig ook een taak kreeg in het waterschap. Hij oefende de hoge rechtspraak uit. Het onderscheid “hoge” en “lage” rechtspraak heeft te maken met het gewicht van de straffen. De hoge jurisdictie nam zaken in behandeling waarop zware straffen waaronder lijfstraffen en zelfs de doodstraf waren gesteld. Later kon men er ook in beroep gaan tegen vonnissen van de lagere gerechten.
Ook kwam het voor dat een functionaris door de landsheer werd aangesteld als rechter voor louter waterschapsaangelegenheden; de dijkgraaf. Daarbij werd door de dijkgraaf als representant van de landsheer recht gevorderd en vonnis gewezen door de heemraden.
De executie geschiedde weer onder verantwoordelijkheid van de dijkgraaf. Het inspecteren van waterstaatswerken door dijkgraaf en heemraden, werd beschouwd als rechtspraak ter plaatse. Het schouwen van waterstaatswerken als dijken, kaden, sluizen en watergangen behoorde tot de voornaamste taken van de waterschapsbesturen.