Tijdens de vijf dagen van strijd op Nederlandse bodem stond het Ministerie van Buitenlandse Zaken onder leiding van dr. J.H. van Roijen, chef van de Afdeling Politieke Zaken. Minister van Kleffens was al op 10 mei 1940 naar Engeland gevlogen voor overleg met de Britse regering. Enkele dagen later volgden de koningin en de rest van het kabinet. De Duitse Rijkscommissaris Seyss Inquart vestigde zijn kantoor in de gebouwen van het Ministerie van Buitenlandse Zaken. De ambtenaren moesten hun werkzaamheden elders voortzetten. Die werkzaamheden bestonden tijdens deze oorlogsjaren hoofdzakelijk uit het behartigen van Nederlandse belangen in België en Frankrijk. De ambtenaren waren daar onder Zweedse bescherming werkzaam. Ook onderhielden zij de contacten met de vertegenwoordigers van het Auswärtige Amt van de Rijkscommissaris.

Het departement in Den Haag werd medio 1942 opgeheven, de ambtenaren werden tewerkgesteld bij andere departementen, als Handel, Nijverheid en Scheepvaart en het Rode Kruis. Minister van Kleffens had ondertussen in Londen in Stratton House een departement opgebouwd naar het oude Haagse model, met toevoeging van een Bureau voor Na-Oorlogse Vraagstukken. Het bureau Volkenbondszaken werd na de opheffing van de Volkenbond opgeheven. De afdelingen Diplomatieke en Juridische Zaken waren aanvankelijk in één hand. Spoedig werd echter een zelfstandige afdeling Juridische Zaken ingesteld, nodig voor de vele volkenrechtelijke problemen die zich voordeden in het contact met de geallieerden. De afdeling werd onder andere betrokken bij de oprichting van de Verenigde Naties. De afdeling Consulaire en Handelszaken werd betrokken bij de uitvoering van de besluiten A1 en A6, die het Nederlandse bezit in het buitenland aan de greep van de vijand trachtten te onttrekken.

Op het weinige ministerie-personeel dat in staat was geweest de oversteek naar Engeland te maken, stond een grote werkdruk. Slechts twee ambtenaren kwamen van het ministerie, de rest van de ambtenaren was afkomstig uit de Diplomatieke en Consulaire Diensten. Enkele posten in het buitenland moesten bezet blijven, de post te Washington bijvoorbeeld was na enige tijd groter dan het departement in Londen. Ook de posten in neutrale landen als Zwitserland, Spanje, Portugal en Zweden waren van groot belang.

Bij het Congres van Wenen in 1815 was bepaald dat slechts grote mogendheden ambassadeurs mochten uitwisselen, voor het overige zouden diplomatieke betrekkingen ten hoogste op het niveau van gezanten worden onderhouden. Na de Eerste Wereldoorlog waren al uitzonderingen hierop gemaakt voor enkele vroegere geallieerden. Nederland vond dat het niet achter kon blijven. Vanaf 1928 hadden zowel de Eerste als de Tweede Kamer aangedrongen op het onderhouden van diplomatieke betrekkingen met de grote mogendheden op ambassadeursniveau. Tijdens de Tweede Wereldoorlog streefden diverse kleine mogendheden naar betrekkingen op datzelfde niveau. In de Verenigde Staten werden ambassades geopend van Latijns-Amerikaanse landen. Het Nederlandse gezantschap in Washington werd nu verheven tot een ambassade.

De Buitenlandse Dienst werd hervormd in de oorlogsjaren. De Diplomatieke en Consulaire Diensten kampten met een gebrek aan medewerkers. Er werd gepoogd hieraan het hoofd te bieden door de toelatingseisen voor beide diensten te verlichten. Tevens werd het mogelijk sneller tot bevorderingen over te gaan. Er moesten op korte termijn mensen in dienst worden genomen. De regeling zou van kracht blijven tot een jaar na de terugkeer van de regering in Nederland. Zij was in de eerste plaats bedoeld voor personen die al werkzaam waren bij Buitenlandse Zaken, pas in de tweede plaats voor personen buiten bezet gebied die bij één van beide diensten wilden werken. Definitieve maatregelen, waaronder modernisering, zouden genomen moeten worden door een na-oorlogse regering. Van Kleffens wilde wel de kwaliteit van nieuwe diplomaten en consulaire ambtenaren voorop blijven stellen. Er werden commissies ingesteld die examens afnamen. De examens voor nieuwe diplomaten en die voor consulaire ambtenaren werden gelijkgesteld. Was tot dan sprake geweest van twee aparte diensten ondanks de toenemende verstrengeling van taken, nu werden de Diplomatieke en Consulaire Diensten en de Tolkendienst samengevoegd tot één buitenlandse dienst, zoals al in vele andere landen was geschied. De ambtelijke top van het ministerie moest ook bij zo’n samenvoeging worden betrokken, zodat haar kennis van de buitenlandse dienst niet louter theoretisch zou blijven. Critici hekelden de ongeschiktheid van vele gezanten en consulaire ambtenaren en betreurden het dat er geen ontslagregeling voor hen werd getroffen. De belangen van Nederlands-Indië en de veranderde status van dit gebiedsdeel moesten na de oorlog ook in het oog worden gehouden.

Er vond een herverdeling van taken plaats tussen de diplomatieke en consulaire vertegenwoordigingen. Veel consulaire taken werden al door diplomatieke posten vervuld. Op 1 januari 1946 werd een nieuw Diplomatiek Reglement van kracht. In vergelijking met oude diplomatieke en consulaire reglementen was dit een gedetailleerd document, dat allerlei zaken als toelating, rangen, bevordering en inzetbaarheid omvatte. Een vooruitgang was dat ook vrouwen voortaan tot de buitenlandse dienst konden worden toegelaten, voor de oorlog had Buitenlandse Zaken zich hiertegen verzet. Dit nieuwe reglement vormde het fundament voor een efficiënt werken van de verenigde diensten van de Nederlandse vertegenwoordigingen in het buitenland.

Zie voorts over deze periode: