Tegen het einde van de achttiende eeuw groeide allerwegen de onrust over de bestaande bestuursstructuren. Coöptatie, patronage en oligarchie boden kansen voor fraude en corruptie. De ergernis van de burgerij richtte zich vooral tegen de uitwassen van het elitebestuur, tot uitdrukking komend in rellen tegen buitengewone belastingheffingen (hét middel om een kwijnende staatskas te spekken) en tegen de verpachting van belastingen. In de jaren 1780-1820 werd het bestuur in westerse landen op nieuwe leest geschoeid. In Engeland werd in 1780 een staatscommissie ingesteld met de taak het stelsel van sinecure-ambten op te schonen en de verkoop van ambten onmogelijk te maken. In Frankrijk werden de bestaande departementen van algemeen bestuur ingericht volgens het”eenheid-van-bevel”-principe met een duidelijke hiërarchie en zorgvuldig afgebakende bevoegdheden. Collegiaal bestuur maakte plaats voor bureau-bestuur, wat op zijn beurt het onderscheid tussen politieke (gekozen) en ambtelijke (benoemde) functionarissen mogelijk maakte. Voorts werden “ambt” en”ambtsdrager” van elkaar gescheiden, iets wat al bepleit was door Paus Leo I (440-461 n.Chr.) en Maarten Luther.
In ons land kregen lang gewenste en noodzakelijke hervormingen hun beslag in de Bataafs-Franse tijd. Zoals eerder gezegd waren er wel stemmen geweest die verandering bepleitten, maar net als nu richtten voorstellen voor bestuurlijke hervormingen zich vooral op de besluitenmachine of de organisatie, niet op het bestel als zodanig. De voorstellen van Simon van Slingelandt (1664-1736) gedaan op de grote vergadering van 1716-1717 om het stelsel van last en ruggespraak te vervangen door een ander stelsel van besluitvorming, konden geen genade vinden. Evenmin werden de voorstellen van Willem Bentinck van Rhoon in 1749 (1704-1774), de graaf van Gronsfeld in 1749 en Laurens Pieter van de Spiegel in 1782 voor de vorming van departementen haalbaar geacht (zie verder paragraaf 8). Een “duwtje” van buitenaf leek nodig en kwam in de vorm van “Franse interventie”.
Zodra Franse troepen in januari 1795 over de bevroren rivieren ons land waren binnengekomen, werden omvangrijke organisatorische en beleidshervormingen aangevat. De roep om eenwording van de staat, om unificatie en codificatie van wetgeving en afschaffing van patronage kon nu vrucht dragen, eerst in de lokale en provinciale besturen en vervolgens op “nationaal” niveau. De organisatorische hervormingen tijdens de Bataafse Republiek (1795-1806) raakten het hele staatsbestel en omvatten onder andere:
- de vestiging van de eenheidsstaat en de uitwerking van een Grondwet (toen geheten Staatsregeling) in 1798
- de afschaffing van de gilden
- de formele scheiding van kerk en staat (bijvoorbeeld in Holland in 1796, voor het hele land in 1798)
- de afschaffing van het onderscheid tussen stads- en plattelandsbesturen en de heerlijke rechten
- de instelling van departementen van algemeen bestuur (1798: toen Agentschappen geheten) met een agent (later: minister) aan het hoofd.
De beleidshervormingen betroffen de ontwikkeling van nationale wetgeving op uiteenlopend gebied, voorbereid door de agenten:
- de Onderwijswetten van 1801, 1803 en 1806
- de wettelijke instelling van Colleges van Medisch Toevoorzigt in 1804 (voorlopers van de Gezondheidscommissies die bij wet van 1901 verplicht werden)
- de instelling van Commissies voor Toezicht op de Armen (voorloper van het Burgerlijk Armbestuur, Maatschappelijk Hulpbetoon en de Sociale Dienst), nodig vanwege het feit dat door de scheiding van kerk en staat alle armenzorg in principe verviel aan de kerk
- de ontwikkeling van een nationale waterbeheersing, onder andere door de instelling van diensten, zoals Rijkswaterstaat in 1798
- de hervorming van het belastingstelsel sinds 1805.
De hervormingen tijdens het Koninkrijk Holland (1806-18 10) en tijdens de Franse annexatie (1811-1813) hadden vooral betrekking op de versterking van de eenheidsstaat (instelling van één munt, 1807; invoering van het metrieke stelsel, 1812) en de bestuursorganisatie. Het gemeentebestuur werd ingericht volgens het model dat wij kennen als het”wettelijk model” en zij dienden gemeenteverslagen en -begrotingen op te maken. Het gebruik van schriftelijke stukken nam zeer sterk toe. De plaatselijke rechtspraak werd in 1811 definitief vervangen door een gedeconcentreerd stelsel. Ter verbetering van de politiële zorg werden in de plattelandsstreken veldwachters aangesteld. Gedurende het gehele tijdvak waren reorganisaties op het centrale niveau een regelmatig terugkerend fenomeen. Na het vertrek van de Fransen werden veel van dergelijke hervormingen niet ongedaan gemaakt. Sommige aspecten van bestuursorganisatie uit het Ancien Régime werden weliswaar weer tot leven gewekt (zoals het onderscheid stads- en plattelandsgemeenten en de heerlijke rechten), maar dan toch tijdelijk (tot 1848/185l). Andere gehaatte Franse nieuwigheden zoals de dienstplicht werden gehandhaafd onder het motief dat het nu niet als straf gezien moest worden maar als garantie voor de bescherming van herwonnen vrijheid (Handelingen Tweede Kamer, 1819-1820, 22-4-1820, p. 167).
In staatsrechtelijk opzicht is de periode 1795-1851 van groot belang geweest voor de ontwikkeling van de Nederlandse bestuursorganisatie. Ofschoon de Fransen klaagden over de Hollandse traagheid en de Hollanders de Franse slag en haast veroordeelden, zijn in de Bataafs-Franse tijd belangrijke hervormingen tot stand gebracht, die in hoge mate de ontwikkelingen tijdens het vroege Koninkrijk zouden bepalen. Het was binnen het in de jaren 1795-1851 geschapen kader bestaande uit eenheidsstaat, Grondwet, organieke wetten, nationale beleidswetgeving en een ambtelijk apparaat dat werkte voorpolitiek-bestuurlijke colleges dat de ontwikkeling in de taakomvang sinds de late negentiende eeuw kon worden opgevangen.