Op twee manieren kunnen zelfstandige bestuursorganen verantwoording afleggen. Een eerste vorm is een door de minister ingestelde raad van toezicht, die bestaat uit onafhankelijke personen. Een tweede mogelijkheid is de verantwoording door een orgaan dat is samengesteld uit personen die representatief worden geacht voor de desbetreffende doelgroep. Daarnaast zijn er zelfstandige bestuursorganen die geen enkele plicht tot verantwoording kennen aangezien dit voortvloeit uit de aard van de taak. Laatst genoemde zelfstandige bestuursorganen vervullen functies die een onafhankelijke positie vergen zoals de al eerder genoemde Kiesraad. Een ander voorbeeld in dit verband is het Commissariaat voor de Media, dat ook een onafhankelijke positie dient in te nemen.

Bij zelfstandige bestuursorganen met een raad van toezicht benoemt veelal de minister de bestuursleden. Doorslaggevend voor hun benoeming zijn de persoonlijke kwaliteiten en niet zozeer de representativiteit voor een deel van de doelgroep. Alhoewel bij de benoeming van de leden van de raad van toezicht de representativiteit tevens een rol kan spelen, staat het criterium van deskundigheid bij de selectie voorop. Het zelfstandige bestuursorgaan legt verantwoording af aan de raad van toezicht. Maar daarmee is het verantwoordingsprobleem nog niet opgelost. De raad van toezicht is immers geen representatief orgaan en behoeft op het eerste gezicht zelf geen verantwoording af te leggen. Er lijkt dan ook sprake van een democratisch deficit. Aan de andere kant kan de opvatting gehuldigd worden dat om deze reden de ministeriële verantwoordelijkheid gehandhaafd blijft. Deze ministeriële verantwoordelijkheid kan worden gebaseerd op bevoegdheden die ministers toch veelal hebben tot ingrijpen of het geven van aanwijzingen. Mocht dit in een specifieke situatie niet het geval zijn dan heeft de minister altijd de mogelijkheden om de leden van de raad van toezicht en/of de leden van het zelfstandige bestuursorgaan te ontslaan dan wel hun bevoegdheden te ontnemen. Aangezien de minister voor al deze bevoegdheden ter verantwoording kan worden geroepen door het parlement geldt daarmee de volledige ministeriële verantwoordelijkheid. De minister en het parlement kunnen zich natuurlijk terughoudend blijven opstellen ten aanzien van het zelfstandige bestuursorgaan en de raad van toezicht. Zo’n opstelling laat onverlet de principiële constatering dat de ministeriële verantwoordelijkheid onverkort blijft gelden.

De tweede verantwoordingsvorm van zelfstandige bestuursorganen omvat de instelling van een representatief lichaam waaraan het bestuur van een zelfstandig bestuursorgaan verantwoording dient af te leggen. Een voorbeeld van deze laatste vorm is de oude universitaire structuur. In deze structuur was het college van bestuur verantwoording verschuldigd aan de universiteitsraad. De leden van het college van bestuur werden benoemd en ontslagen door de Kroon, maar waren verantwoording verschuldigd aan de universiteitsraad. Deze constateringen hebben een belangrijke implicatie. De ministeriële verantwoordelijkheid gold niet voor al het handelen van organen van de universiteit, omdat hier een zelfstandige vorm van democratie was geïntroduceerd die voldeed aan democratische eisen. De minister had dan ook slechts beperkte mogelijkheden om in te grijpen. Ingrijpen kon geschieden in bij voorbeeld het geval van taakverwaarlozing. Voor het al dan niet hanteren van deze beperkte mogelijkheden was hij uiteraard verantwoording verschuldigd aan het parlement. Andere voorbeelden van functioneel gedecentraliseerde lichamen met dergelijke eigen democratische structuren zijn de bedrijfslichamen op basis van de Wet bo (zie hierboven). Een dergelijke eigen democratische structuur vereist dan ook dat het primaat ligt bij de vertegenwoordigende lichamen en dat het bestuursorgaan het vertrouwen dient te genieten van het vertegenwoordigende lichaam. Ontbreekt dit vertrouwen dan moet het bestuur (of individuele leden) van het zelfstandige bestuursorgaan opstappen. Wanneer de minister dit primaat van het vertegenwoordigend lichaam niet accepteert, heeft dit tot consequentie dat het vertegenwoordigend lichaam wordt gedegradeerd tot een soort raad van toezicht, waarbij de ministeriële verantwoordelijkheid voor al het handelen van het bestuursorgaan gaat gelden. Ook het niet accepteren van het primaat van het vertegenwoordigend lichaam, is uiteraard een daad die valt onder de ministeriële verantwoordelijkheid.