Het toezicht op de bedrijfslichamen is in het recente verleden aan verandering onderhevig geweest. De eerder beschreven wetswijziging van 1992 heeft een belangrijke verschuiving van het toezicht van de ministeries naar de SER met zich meegebracht. Het voorstel van de regering tot wijziging van het stelsel uit 1996 beoogt opnieuw een aantal veranderingen tot stand te brengen. In feite betreft het hier in belangrijke mate het terugdraaien van de veranderingen uit 1992. Onderstaand schema (SER 1997: 42) geeft aan hoe voor 1992, na 1992 en hoe in het regeringsvoorstel van 1996 het toezicht geregeld is.

1 Voor zover verordeningen een strafsanctie kennen.

2 Met uitzonderingen van de bestemmingsheffingen bij productschappen waar de minister toezicht op heeft.

3 Waarbij de minister beleidsinhoudelijk de bestemmingsheffingen toetst.

Bij bovenstaand schema dient te worden opgemerkt dat „de minister” zowel de minister van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij kan zijn als de minister van Economische Zaken. De eerste is verantwoordelijk voor wat betreft de „agrarische” bedrijfslichamen terwijl de laatstgenoemde minister toezicht houdt op bedrijfslichamen in de „handelssector”. Voorts hebben de betrokken ministeries ook de mogelijkheid om ministeriële vertegenwoordigers aan te wijzen die deel kunnen nemen aan de vergaderingen van de bedrijfslichamen. Naast deze formele relaties, die hierboven zijn aangeduid, onderhouden bedrijfslichamen intensief contact met verschillende ministeries. Ook is een aantal bedrijfslichamen betrokken bij de besluitvorming op Europees niveau.