De verhouding tot andere overheidslichamen, geregeld in de instellingswet of -regeling, is zeer verschillend. Soms heeft een minister dermate omvangrijke bevoegdheden om een zelfstandig bestuursorgaan te sturen dat men zich af kan vragen in hoeverre er in de praktijk sprake is van een zelfstandig bestuursorgaan. Naarmate de mogelijkheden tot sturing groter worden, neemt de feitelijke hiërarchische ondergeschiktheid aan de minister toe. Bij andere zelfstandige bestuursorganen, zoals de Kiesraad, heeft de minister nauwelijks mogelijkheden tot sturing. Vanwege deze variatie spreekt de Algemene Rekenkamer dan ook van wildgroei. Toch moet niet worden vergeten dat deze diversiteit ten aanzien van de sturingsrelatie met de minister ten dele verband houdt met de uiteenlopende taakstelling van zelfstandige bestuursorganen. Dit neemt niet weg, dat ten aanzien van taken die oorspronkelijk onder verantwoordelijkheid van een minister werden uitgevoerd, een bepaalde vorm van sturing gewenst blijft. Bij zelfstandige bestuursorganen die onafhankelijk van de politiek moeten functioneren, zoals de Kiesraad, is een directe sturing daarentegen onwenselijk.