De eenheid van het middeleeuwse Corpus Christianum werd in de zestiende eeuw verbroken door de opkomst van reformatorische stromingen die, afgewezen door de officiële kerkelijke structuren, zich overwegend in oppositie tegen de Kerk van Rome ontwikkelden. Sinds de indiening van een Protestation op de Rijksdag van Spiers (1529), die besloten had de uitbreiding van de reformatie te belemmeren, hebben de benamingen protestant en protestantisme opgang gemaakt. Er vallen enkele hoofdrichtingen te onderscheiden: het lutheranisme, het gereformeerd protestantisme (calvinisme) en de doperse richting; ook het anglicanisme moet ertoe gerekend worden. In confessioneel opzicht zijn er historisch gezien grote overeenkomsten tussen deze richtingen: de erkenning van de bijbel als enige autoriteit voor geloof en zede (sola Scriptura), de rechtvaardiging van de zondaar, enkel op grond van genade (sola gratia) en door geloof alleen (sola fide); het algemeen priesterschap der gelovigen onder afwijzing van de kerk als hiërarchisch heilsbemiddelingsinstituut en de visie op de sacramenten (doop en avondmaal) als teken en zegel. Mettertijd bood de organisatie in nationale kerken (landskerken) ruimte voor de ontwikkeling van verschillen in confessie, liturgie, beleving en organisatie. Kenmerkend is ook het optreden van scheuringen en afscheidingen, onder meer gevolg van de nadruk op de persoonlijke geloofsverantwoordelijkheid.

Reformatorische invloeden werden in de Nederlanden al vroeg opgemerkt. Het eerste plakkaat tegen „lutherije” en verspreiding van „nye leere” werd in 1521 uitgevaardigd, de eerste martelaren – twee Augustijner monniken – stierven in 1523 te Brussel op de brandstapel.

In de eerste fase van de hervorming werd in de Nederlanden een veelheid aan stromingen en richtingen aangetroffen: Lutheranen, wederdopers, sacramentariërs, chiliasten en anderen. Lagere overheden stelden zich gewoonlijk terughoudend op, zelfs tegenover de vanwege hun Munsterse avontuur (1534-1535) en Amsterdamse naaktloperij (1535) als revolutionaire vijanden van orde en gezag beschouwde Wederdopers. De uitgetreden pastoor van Witmarsum Menno Simons verenigde nadien de vervolgde Dopersen (Mennisten) op de grondslag van een door het inwendig licht van de Geest geleid vredelievend persoonlijk geloof, in gemeenten waar afwijzing van werelds gedrag door strenge tucht gehandhaafd werd. Kleine groepen bleven echter het radicalisme nog geruime tijd getrouw, zoals de gewelddadige Batenburgers en de chiliastische Davidjoristen; verwant daarmee was de geheime, visionair-chiliastische gemeenschap, het Huis der Liefde, gesticht door Hendrik Niclaes.

Vanaf de late jaren dertig van de zestiende eeuw vonden de opvattingen van de calvinistische reformatie ingang in de Nederlanden. De invloed daarvan nam mettertijd sterk toe. De calvinistische gemeenten werden onder presbyteriaal-consistoriale leiding georganiseerd, kenden confessionele en liturgische eenheid en stonden elkaar onderling bij. Zij wensten vrije godsdienstuitoefening en waren bereid onwillige overheden desnoods daartoe te dwingen. Calvinisten participeerden actief in het politieke conflict dat in de jaren zestig overging in verzet tegen de landsheerlijke regering. In de sinds 1572 opstandige steden en gewesten werd publieke uitoefening van de „gereformeerde” religie toegestaan; vroeger of later mislukten er allerlei constructies voor een religievrede die de uitoefening van diverse godsdiensten naast elkaar beoogde. In de gewesten die zich van het landsheerlijk gezag bevrijdden en de Republiek der Verenigde Nederlanden gingen vormen, kreeg de Gereformeerde kerk de positie van publieke kerk. Van een overgang van de gehele bevolking tot het protestantisme was echter geen sprake, van eenheid onder de protestanten evenmin.

Een algemeen overzicht van de geschiedenis van de Nederlanden in de zestiende eeuw wordt geboden in:

Specifieke aandacht aan de godsdienstige ontwikkelingen schenken:

Voor de vestiging van het gereformeerd protestantisme in de Nederlanden kan voorts verwezen worden naar de studies van:

De Doperse stromingen van de zestiende eeuw en hun ontwikkeling zijn beschreven in:

Voor de diverse kleinere groepen, bewegingen en sekten moge verwezen worden naar:

Recent onderzoek richt zich vooral op lokale situaties, waardoor de onderlinge verbondenheid van religieuze, sociale en politieke motieven en ontwikkelingen en de rol van kerk en religie in de plaatselijke samenleving duidelijk uitkomen: