In de „Aanwijzingen inzake zelfstandige bestuursorganen” van 5 september 1996 worden zelfstandige bestuursorganen als volgt omschreven: „… bestuursorgaan op het niveau van de centrale overheid, dat niet hiërarchisch ondergeschikt is aan een minister en niet is een adviescollege als bedoeld in de Kaderwet adviescolleges, waarvan de adviestaak de hoofdtaak is.” (Aanwijzing 124a). Impliciet gaan de aanwijzingen uit van de definitie van de Algemene wet bestuursrecht van het begrip „bestuursorgaan”. Artikel 1:1 lid 1 van deze wet stelt: „Onder bestuursorgaan wordt verstaan:

De aanwijzingen stellen dat een zelfstandig bestuursorgaan in beginsel over een publiekrechtelijke organisatievorm beschikt. In diezelfde aanwijzingen wordt echter de mogelijkheid open gelaten ook aan privaatrechtelijke organisaties openbaar gezag toe te kennen. Door deze toekenning worden zij zelfstandige bestuursorganen.

Eerdere definities van het begrip zelfstandig bestuursorgaan wijken van deze definitie af. De definitie van de Algemene Rekenkamer (1995: 7) is als volgt: „publiekrechtelijke organen waaraan de uitoefening van een publieke taak is opgedragen zonder dat sprake is van (volledige) hiërarchische ondergeschiktheid aan de minister, alsmede privaatrechtelijk vormgegeven organen die met openbaar gezag zijn bekleed.” In deze definitie ontbrak de toevoeging „op het niveau van de centrale overheid”. Strikt genomen zouden organen van gemeenten en provincies ook zelfstandige bestuursorganen vormen. Het valt niet aan te nemen dat dit ook de bedoeling van de Algemene Rekenkamer is geweest. Meer principieel is het verschil tussen de definitie uit de aanwijzingen en de definitie van Boxum, De Ridder en Scheltema. De laatsten stellen: „Met het oog op deze verschillen tussen privaatrecht en publiekrecht behoort het begrip zelfstandig bestuursorgaan gereserveerd te worden voor publiekrechtelijk georganiseerde organisaties”. Hun definitie luidt dan ook als volgt: „een publiekrechtelijk orgaan van de centrale overheid, aan wie de uitoefening van een bestuurstaak is opgedragen zonder dat een hiërarchische ondergeschiktheid aan een minister aanwezig is.” Scheltema e.a. gingen ervan uit dat zelfstandige bestuursorganen per definitie een publiekrechtelijke grondslag hebben. Privaatrechtelijke lichamen met publiekrechtelijke bevoegdheden kunnen naar hun omschrijving geen zelfstandige bestuursorganen worden genoemd.

Volgens de ruime definitie van de aanwijzingen vormen in feite alle hieronder te beschrijven lichamen zelfstandige bestuursorganen. De meerwaarde van de term zelfstandig bestuursorgaan is dan nihil. Daar waar hieronder toch wordt gesproken over zelfstandige bestuursorganen wordt gedoeld op de niet-grondwettelijke functionele eenheden op publiekrechtelijke basis. Een deel van de populariteit van de term „zelfstandig bestuursorgaan” is wellicht gelegen in het geringe aantal letters van de term (zbo). Velen spreken om redenen van gemak eerder over zelfstandige bestuursorganen dan over „niet-grondwettelijke functionele lichamen op publiekrechtelijke basis”.